pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-15a |
Genomic Coordinates | chr13: 50049119 - 50049201 |
Synonyms | MIRN15A, hsa-mir-15a, miRNA15A, MIR15A |
Description | Homo sapiens miR-15a stem-loop |
Comment | Reference . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-15a-5p | ||||||||||||||||||
Sequence | 14| UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG |35 | ||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | ||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
Circulating MicroRNA Expression Profiling | Circulating MicroRNA Expression Profiling |
---|
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | MLXIP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | MIR, MONDOA, bHLHe36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | MLX interacting protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_014938 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on MLXIP | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of MLXIP (miRNA target sites are highlighted) |
>MLXIP|NM_014938|3'UTR 1 CTGCTTAGCTGGCATGTGGCCGCATGAGATGCCAGGAGACCCTTCCCTGCCCATGGAGAGTAGGCTGCGCCCCCCAGCCC 81 TTCCTGACGCTCAGCCTCGGGGCCTCTCTCCAACTCTGCCGGCCCACCGTGGCATCGGGAGGCCATGCTCAGGTCTGAAG 161 CAGGTTTGGGGCCTGCTGACAGCAATAGCCCGCCTTTGGGAACCCCTTGCTGTGAACTCTCTCACTCAGTGACCTCAGTC 241 ACCAACCTCCTCTGCCCTCGGGGCAGCCCACACAAAAGGGAAGTGCTGGCCGTGCTGGTCCTGCCCTGCTGGTGGCCTGC 321 CGGGCCTGGCGCCGGTGAGCGGAATCGATGGGATGAGGGTGACAGGGCCTGCTCCTGTCCTGAGGCCCAGCCTTGTCCCT 401 CCTGCCACGTCCTGTCCACATGCATGCCTCTGCCTGATGCCCTGCTCCACTCTCTGGTCTGCCCGTGGGGCAGTTGGAAG 481 GCGTCTTTCTTTCTCCCCTCAACTCTGACAGCACCCAGCCCTTGTGGATGGACTTGGGCTTCTATTCAGGCTTATGCATG 561 GCAGGCTGCCAGGGGGAAGTGCCTTCTTCAGAGGTCCTCCAGGACACATGTGTGCAGAAACGGTGGATGTGGAACACACA 641 GGACCAGAATGGAAGCGTGTGATGCACGGTGGCTGCTCTGGCTGAGAGGCCCTGCTGGGCATGTTTCATCTGTCCCCTTT 721 TAGCTCCACCTGACATTGCAGGATCCATGGGGACTCAGCCCAGGGCCTTCTCGGATGTCACCTCACCGCTGTGGCCCTTC 801 TGCCGTTCTTCTCCACTTGGCTCCAGCTGCAGCTGTTGACAGATCAAGCATGTCCTGTGGGAGCTTAGAACCCTGAAGTT 881 CTAGTGTCTGAAAGATCAGACTCCACGTCCTGCTGTCAGCCTTGTCATCTTGTCTGATGTCTTTCAGCTGGGAGCCCCAA 961 ACCAGGACAGTTCTCGGACCAAAGATGCCCCCACACTCAAAAGTCTGTCCCGTCTTGTGTTTGGAGAAGGAAACAATGTT 1041 GGCAGGCAGCACTCTGTGGTGGTCAGCCCTCAGAGCTGTTTCTAGGCATCTCTCAGATCAGACAGCAAAGAATCTACCCA 1121 GATCTGGGCTGGGTGGAGGTGTGGCTGGGCTGGGGGCCATTCTGAGCCTGCAGTGAGAGTTTGGCCCAGCCTCAGTCCTT 1201 GCTCTTCTCTGGCTACCTCTGCAGGGAGCTGCAGGGGCAAGCACTCTCTCCAGCACTCAGGAAGCCCGGCCGAGGGTACC 1281 TCCTCGTGGAAAGAATGCACTTTAAAGCTCTGCTGAGGAGTTCGGAGCCCAGGCTTTCAGGCGACCTCTGCCCTCCCTGC 1361 CTCTCCTCACCCTCCCTCTCTTCCTGCAGGGCCTGGGAAGGGCTTTGAGGGAGCCTGGGAGCCATGTGAAGAGGGGCACG 1441 CCTGGGCTGTCCCACAGTTTAGATCCAGTTGGAGGTTCTCCCTGGCTCCTGCAGGCCTGCGGGGATCTCTCCCCACTTCA 1521 GGCCTCCGGCCAGCTGCCTGCCCTCTTGTCTGTGCTTCAGCCCTGCACAAAAGCAGCTTGGTGACACCACTCAGCCACCC 1601 AGAGTACGTGTTTACAGGCTTTCCAGATCACCTTCCTGTGGGGTGAACGTAATGAGGCGGGGCTGGTCCTTGGAATTTCC 1681 CCTGGAAAATGGTAACAGACTCCATCCTTGACCCGGGGATGAGCATGAAGGCATTGTCCCAAAGGCAGAGGCCACCGTGG 1761 TAGGAATTCCACCAAGGCCAGAAGGGAAAAAGGAAGAACCCACCGTGTCTGGCTGTGCGGGCCCTGGGGAGGGTCGTGAG 1841 TGCAGCCCCTCTCTACTTCTGTGCCTTTGTAAAACGTGTAGATAACCGCAGTGGTTGGCTGAGCCAAGAACTCTCCTAAA 1921 TCAGTGGCTTTCTCCCCACCCCTTGCTGGGGAGTCATTTTTAAAAAAATCTGTGGGATATAAAATTGGCCTCCTGCTGCT 2001 TCAGCCTACCTCTCCCTCTGCTGACTTAATGTCGTGATTCTGTTTCTTCAGATATTTAAGGCTGTTAGGTTGTGTGAGCC 2081 TTGAAGTGTGTGTGTGTGTCCCAGCGACTGTCCACTGTCCAGGAGATGCATGTCTTTGTATTGGAGATATTTCTGTAACT 2161 CATTCTCTTGGTGCTCACGATTGCCATGGCCATAGGGCCACAGTGCCGTATCTGCTGCAGACATGATTGTTTCTTGTTCT 2241 AGAGGTTTTCTTGTTTTCGAATCTTGCCTGATGAATCCAGCCAGACCAAGGGGCCTAGATTTGACCTCTGTCCTGGGCTC 2321 CTGGGCCAGGTGCAGGAACATCTGAGGCCACTCTGCTGGCCACCTCCAGTGGGTGCTGACCACAGGATGGGCTTTGTTTA 2401 CACTCATTTTCACCCTGATTCTTGCCCCCACTTTCATAAAAGAAACTTCAAAATGCTGACGCTTTGGAGAGTAAGAAAAT 2481 CAATCTTGGCTGGGCACGGTGGCTCCTGCCTGTGATCCTAGCACTTTGGGAGGCTGAAGCTGAAGGATCACTTGAGCTCA 2561 GGAGTTGGAGACCAACCCTGGCAACATAACAAGACCCTGTCTCTACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATTTAGCCGTG 2641 TGTAGCAGTGAGTGCCTGTGGTCCCAGCTACTTGGGCCTGAGGCTGGAGGATTGCTTGAGCCTAGAAGTTGCAGTGAGCT 2721 ATGATCATGCCACACTGTACTCCAGCCTGGATGACAGAGTGAAACCCTGCCTCTAAATAAAAGAAAATAGAGGCAGACTG 2801 TGGTGGCTCACGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGTAGGCCAAGGCGGGTGGATCACCTGCAGTCAGGAGTTCACAACCAGC 2881 CTGACCAACATGGTGAAACCCTGTCTATACTAAAAATACAAAACATTAGCCACGTGTGGTGGTACACGCCTGTAATCCCA 2961 GCTACTCGGGAGGCTGAGTCAGGAGAATCACTTGAACCTGGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATTGTACCACTGCA 3041 CTCCAGCCTGGGTGACAGAGCAAAACCCTATCTCAAAAAAAAAAAGAAGAAAAAAATAGAAAATCCAAAAAGAAAAACCA 3121 GAAGGCCTGCTGGCGTATAAATCCCTGGGCGGGTTTCTGATAAATTGCCCTGTGCTGTCAGCCCCTGCACTGCACTGCTG 3201 CCTTCCATGGTGGGTGGGAGACCCCAGAGCGGGGCAGGCGCCACTGAGGGCTTTTCTTGGAGTCGGCCAGCAGGCCACGC 3281 AGCATCCGGCACCCTGGGCGGGCTGGCTAGCTGCCTTCTTAGGACATCTCTACTTTGAAGGATTTTACCGCAGGAAGCAA 3361 TAGCAGCGCTGGCCATTGGTGCTGATGACAGCATTGGGTCTGGTTGAGGGGAAGGGGCTGGAAAGCAGCAGACCCCCCCA 3441 GTGCTGCGCATGGTCCCGGAGCTGTCAGCCAGGGGAGTGGGGTCAGCCGTCAGCCAGCCCTCCCATTTCCCGCCCATGGG 3521 CCCTGACCACACTCCCTTTTCTAGAAGTCAATCCTAAGGTTTCTCTGCTCTGGCTAAGAGGATGTAAATTTGGATTCTTA 3601 GAGGGCATGGCACCCCCAGTCCCTGCCCAGATAAAGTAGCACAGTGGCAGGCAGCACCTCTGTCTGTTGCTGACGTTGGG 3681 GGGCTTACACACCCACCTCATCTCCGTGCACAGCCATGACTGGCCCTGCCGGCAGCTGGGGTGCAGGTAAGGGTCTCTCT 3761 CATAGAGGGGAGCTGCAGCTGAGAACTGGCGAGGCCCCTTCCTCCAAGGCCCTAGCTGGCCCCCGGGTGAACCTGAGGTG 3841 GCAGGTTCAGGTTTTCAAGATGGTGAGGTCTCGCTGTCTGCTGGACAGTACGTTAGGCTCTCAGAACTCATGGGTGTGGA 3921 GCTGGGCCTGTCCCGGGCCAGTGGACCCCTGTGTGTGGGGGATTTGGGGTGCTGTGGGCCTGGTTATGCACTGGCAGATG 4001 GACCTTGCTTTGGTCCAGCTCTTTTCCTTACCCTGGCTCTGACGTGGGAAGGCTTGGAGGGCCCGTCTCATCACCCCCGT 4081 TCGCCCTCAGCTGTCCCTTTCCCTTGTCGCCTGGCCGCTGCCTCGCCCGCCTGAGGCCTCCTAGCAGGCAGCCTGGGTGT 4161 GAGTTGAGCCTCTCTCTTTTCCCTCTGGTGGGAAAGTGGCCTTTCCCTCAACACCTGCTCCCCGGCCCCAGAGGAACCCA 4241 CCTGTTTTGGAGCTCAGCTTGGCCCAGCGTTTCCTTGGGGAAGGGAAAGGAGGGCTGGACAGCACTGATCCGGGCAGGCA 4321 GCGTGTGCAGCAGTGGCCAGCCAGAGTGCCAAAGATGCACGGGGATGTGGTGTGTGGCTCCGGGCCCTCGACATCTCTGC 4401 TTTGGGGGATTTTTACCTTGTCTGCACACTTGTCAGGGGAGAGGGGACAGCAAGGTGGGAGGTTGAAGAGCTTTGAGGCT 4481 CAGCAGCATGTTTGTGGCATTCGGTGGACACCATGGCCTTGGGCGGCTGGACAGGTTTTTGTGATGTGAGGGACACGCAT 4561 GGGGCACATGGTAAGCTTGGCAAGGGCTCCAGGAACGCTGACGAAGGGTTTTAGGACCCCCACCCCCATGCCTGTACCAG 4641 GGCTGGCCTCCAGAGCGGGTGAGGACAGAGCAGCTGTGGGCTTTTCATTCTGAGGTCTTGGCCCCCCTGGCCACCGCAAG 4721 GGACTCTTTGCTTGTCAGGGCTTGCAAAAACCAACCTTCGAGAAAGAAAAGGGAACTCTTCACGTTGAATGTTGACTTTG 4801 TGTGTATGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCACGCGCGCGTGTGCGTGTTGACTTCATGGAATTTTGTTTTGTGAAATTCCC 4881 CTCCAATCGTGTCAGAATTTACCTCCATGCCCCAGTCACACTGTTGGTTCTGCGCTCTGAACCTGGGTGTAGCTCATTTG 4961 AAGGACTCTCTTCTGCGTTTCCTAACAGTTATTTGGTGGTCTCAAGAGTTGAGGTTGTGGAGGGTTGGGAGAAACTGAAG 5041 TTCTATACATTTCCATAGAGTTTACATCCTGCAGTTAAAAGGCAGGGAGGGCTCAGCCCGGGCCCCACAGCTCCAGGCCA 5121 TCCCCTACGGGCTGCCCACAGTGCCCCCTTTTCTCTAGCCGAATCTTTTTCGAACAGCCCGGGAAAGGAAAACGGATTCA 5201 CTTGCTGATTTTGTTCACGGCGGAAGCACCATGTTCCGTTCCTTTTTCAGGTTCAGTTTGTTGTGTAAATGGCGGTTTTT 5281 TCTGGTGTGAGCTTTGGTGATGGTGGCAGGGCTCCTTTGAAGAGATGGTTCCACCTCGTGGTCTGAAGAACAAACCAGAG 5361 AAGAGTCTGGTTTGGCCAGAGGCCCCCTCCGGTCCACGTCACCCTGAGTACACCCCTCTGATTGCTCTGCTGTCAAGAAG 5441 CACGTTTCCACCAGCTGTATTCAACACTACAATGCATTTTTTAAACTATATTTGCATCCAAGACAATAAAGACACCTTAT 5521 TTTTTTTGAAAAGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | Jiyoye |
Tools used in this research | TargetScan |
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in Supplenentary. RNA binding protein: AGO2.
... - Riley KJ; Rabinowitz GS; Yario TA; Luna JM; et al., 2012, The EMBO journal. |
Article |
- Riley KJ; Rabinowitz GS; Yario TA; Luna JM; et al. - The EMBO journal, 2012
Epstein-Barr virus (EBV) controls gene expression to transform human B cells and maintain viral latency. High-throughput sequencing and crosslinking immunoprecipitation (HITS-CLIP) identified mRNA targets of 44 EBV and 310 human microRNAs (miRNAs) in Jijoye (Latency III) EBV-transformed B cells. While 25% of total cellular miRNAs are viral, only three viral mRNAs, all latent transcripts, are targeted. Thus, miRNAs do not control the latent/lytic switch by targeting EBV lytic genes. Unexpectedly, 90% of the 1664 human 3'-untranslated regions targeted by the 12 most abundant EBV miRNAs are also targeted by human miRNAs via distinct binding sites. Half of these are targets of the oncogenic miR-17 approximately 92 miRNA cluster and associated families, including mRNAs that regulate transcription, apoptosis, Wnt signalling, and the cell cycle. Reporter assays confirmed the functionality of several EBV and miR-17 family miRNA-binding sites in EBV latent membrane protein 1 (LMP1), EBV BHRF1, and host CAPRIN2 mRNAs. Our extensive list of EBV and human miRNA targets implicates miRNAs in the control of EBV latency and illuminates viral miRNA function in general.
LinkOut: [PMID: 22473208]
|
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
|||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||
MIRT000280 | BMI1 | BMI1 proto-oncogene, polycomb ring finger | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
5 | 3 | |||
MIRT000282 | WNT3A | Wnt family member 3A | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 2 | |||||
MIRT000283 | MYB | MYB proto-oncogene, transcription factor | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
5 | 3 | |||
MIRT000284 | CDC25A | cell division cycle 25A | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 3 | |||||
MIRT000285 | CCND2 | cyclin D2 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 5 | |||||
MIRT000804 | RAB9B | RAB9B, member RAS oncogene family | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT000806 | ACTR1A | ARP1 actin related protein 1 homolog A | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT000808 | TPI1 | triosephosphate isomerase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT000810 | PDCD4 | programmed cell death 4 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 2 | |||||
MIRT000812 | RAB21 | RAB21, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000815 | BCL2 | BCL2, apoptosis regulator | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
6 | 13 | ||
MIRT000817 | WT1 | Wilms tumor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000819 | ASXL2 | additional sex combs like 2, transcriptional regulator | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000823 | TMEM251 | transmembrane protein 251 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000825 | CARD8 | caspase recruitment domain family member 8 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000827 | CDC14B | cell division cycle 14B | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000829 | CENPJ | centromere protein J | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000831 | CEP63 | centrosomal protein 63 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000833 | CREBL2 | cAMP responsive element binding protein like 2 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 3 | |||||
MIRT000835 | ECHDC1 | ethylmalonyl-CoA decarboxylase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000847 | GOLGA5 | golgin A5 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000849 | GOLPH3L | golgi phosphoprotein 3 like | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000851 | GTF2H1 | general transcription factor IIH subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000853 | H3F3B | H3 histone family member 3B | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000855 | HACE1 | HECT domain and ankyrin repeat containing E3 ubiquitin protein ligase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000857 | HDHD2 | haloacid dehalogenase like hydrolase domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000859 | HERC6 | HECT and RLD domain containing E3 ubiquitin protein ligase family member 6 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000863 | HRSP12 | reactive intermediate imine deaminase A homolog | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000865 | HSDL2 | hydroxysteroid dehydrogenase like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000866 | HSPA1A | heat shock protein family A (Hsp70) member 1A | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000868 | JUN | Jun proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000878 | MCL1 | MCL1, BCL2 family apoptosis regulator | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000880 | MSH2 | mutS homolog 2 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000884 | OMA1 | OMA1 zinc metallopeptidase | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000886 | OSGEPL1 | O-sialoglycoprotein endopeptidase like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000888 | PDCD6IP | programmed cell death 6 interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000890 | PHKB | phosphorylase kinase regulatory subunit beta | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000892 | PMS1 | PMS1 homolog 1, mismatch repair system component | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000894 | PNN | pinin, desmosome associated protein | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000896 | PRIM1 | DNA primase subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000898 | RAD51C | RAD51 paralog C | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000900 | RHOT1 | ras homolog family member T1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000902 | RNASEL | ribonuclease L | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000906 | SLC35A1 | solute carrier family 35 member A1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000908 | SLC35B3 | solute carrier family 35 member B3 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000910 | TIA1 | TIA1 cytotoxic granule associated RNA binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000914 | UGDH | UDP-glucose 6-dehydrogenase | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000916 | UGP2 | UDP-glucose pyrophosphorylase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000922 | ZNF559 | zinc finger protein 559 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT001227 | CCND1 | cyclin D1 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
5 | 7 | |||
MIRT001228 | CCNE1 | cyclin E1 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
6 | 8 | ||
MIRT001802 | BACE1 | beta-secretase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT002946 | DMTF1 | cyclin D binding myb like transcription factor 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 3 | |||||
MIRT003333 | BRCA1 | BRCA1, DNA repair associated | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT003334 | AKT3 | AKT serine/threonine kinase 3 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT003872 | WIPF1 | WAS/WASL interacting protein family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003873 | VPS45 | vacuolar protein sorting 45 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003874 | HSP90B1 | heat shock protein 90 beta family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003875 | SKAP2 | src kinase associated phosphoprotein 2 |