pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-15a |
Genomic Coordinates | chr13: 50049119 - 50049201 |
Synonyms | MIRN15A, hsa-mir-15a, miRNA15A, MIR15A |
Description | Homo sapiens miR-15a stem-loop |
Comment | Reference . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-15a-5p | ||||||||||||||||||
Sequence | 14| UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG |35 | ||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | ||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
Circulating MicroRNA Expression Profiling | Circulating MicroRNA Expression Profiling |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | TBL1XR1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C21, DC42, IRA1, MRD41, TBLR1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | transducin beta like 1 X-linked receptor 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_024665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TBL1XR1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TBL1XR1 (miRNA target sites are highlighted) |
>TBL1XR1|NM_024665|3'UTR 1 CGCTACTAGTTGGAAGCCATGGACCGACTATGAATGTGTACATAGCCAAAATGACTGTCCCTGACCCATGTACTGCTATA 81 GTCCCACTTGAACCATGGCCAGTCCACTACAGCCAAATCTAAAAGAAATATATACATACAGTGTATATAAACAAAATTGC 161 ACCCTGAAGATGACAGAGTTTTGTCACAGCTTGTGAATTCTGTTCACCAAGTGCTGGAATCTAATCTGCTGTGCCCCTAA 241 AATAGCATTTAGAAGTTTTGGATATGAAAAACAGAAGAGAGAAAAATATACATTATAAAAGCAGAACATACATGTACCAG 321 TTTTTGGATACTAAATGACAGCCTTGTTTCTCCCCTTTGAATCAGCAGACACCATGGATTATATTCTTTTTTTCCCTTCA 401 GTAGTGAGCAGTTTGTATGTACAGAGAAAATGGACTTACAAAAACTTGCAGCAGTAGTTTGTTCTTGCTTTAAAATTTCG 481 TTTTTGGTTTAGATTATGGATGCATGAAGTAAGGGAGTGAATCAGTTTCTTGTTTATATTTTTTTCACCTTTTAAACAAA 561 AAATTCTTTAAAATATTTTAATGCATTCTTTTGAAGAGGTAGATGTTTGGTACATTTTATGGCTCCCAGAGCATATATTC 641 AGTTGGTGCATGTTGTGGAAGGGGGAATTGGAAATTAAATGAAAACCTATGACTTTGGTCATGTCAATCTGTAAGACACA 721 TCAGTAAAAGGGTATTATGCTCTGTTGGTTTTGTTTTTTTGTTTTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTGTTTTTTGG 801 TGATGTGGCTTAAATGCAATAGTTTCTTTTTTGGGACATATTTCTGCCAATTAAAGACTAGAAGGGCACAACTTTTTTTT 881 TAATTACCATAGAGAAGATACATTAAAAAAAATCTTCTGATGTTTTGTAGCCATAACTAAATTATGGTAAAAATGTGCAC 961 TATTGTGAAAAGGAGCAACGTAGTTTTGGGTTTTTTGTTGTTTGTTTGTTTTGCTTTGTTTTTTAAGAGATTAAAATGTT 1041 TCTGGATAAGGATTAGCTTCTCGAAGTGTCCATCATTCTGTGTAGAAGCTTAAATATGTAATGTAACCAAACTCCAGTAT 1121 TAAAAATCTCTCATGTTGTTTTCTTTATACAAAGCAAGATAACGGCATATAACACTGCCATTACATGGCAAAATGTTTGC 1201 TACCTTAGTTTAAAAAACAATCTCAAACAAAAGACTTGCTTCAAGGTGTTTTTAAATAGCAGTGATTCAGAATTTTTTTT 1281 AATGAAAGTATAATTGCACTAACCTTCTTCCTGCTGCTCTGATTCTGCATTTGTGGTACTTGTGACTACGTTTTTTCAAA 1361 TATAGATAGATTTAAGCTGCTAATTTTTTTTTTTTTAGTAATCACTACTATATCATGTCTTTTACTCTGTTTATAATATC 1441 AAGTATTTTCTTAAAGATATAGATATTAAACCTTGTGCTCATGCAACTTAGAGTAACATATACAGACAAATGATTGCATG 1521 AGGCCATGTTTATATGTGTGACTAATAAGGCTTGTCATGATTAACATAATCCAGGTATGTCATTTCTGAAGAGAATAGTC 1601 ATCAAATTTATATCTCGAAGATTTTAATTAAGGAATTGCTTATTGTTGAGCTTAGCAAATTAATAACACTATTTCTGTCA 1681 CTAATTATTTTGAGGCCTTTTAGTACTAAAATTTTAACCTGTGTTCTAAGTAGAAACTGATTTAACCCAAGTAATGCAGC 1761 TTTGATTGATTTCAGCATTCGTTGCTTTGCTATTTTTACAAAACAGCATTGATTGAAGCAAGTCTTGGTTTTACTAAGGT 1841 AGGGTAGCATTTGCTATTGGTAAAGAGAATAAATACACTTAATTTCACAATACATTGTTATATGTACCCCAGTTGTTGTT 1921 AGTGGGGACTATGATACTGTAATAATATTTTTAAAAATTTACATCAAGAGAGGCAGTCATTCACGATGGTTTTGTGCCAG 2001 CTCTTTTTAGGGTTTTGGATCACATTAGAGATATTTAGAACATATTACCCTGTGACTTACGTAGGAAACCTAATATGCTG 2081 AGTATCTGGCACTTGAATTCCTGCTTTTATTGCTGGAGGTCCACATCTGTGGTTGACCTCTGTTATTGTTTAAAAAAAAT 2161 AAATAAAAATTAAAAAAATCTGTGCAATAATTTTAAAATGTGCTCCCAGGAATAGACACAAATGTTTTGAGTATCTTTTA 2241 AGCTGCATTTTCCTTTAGTGATGCATTTGTCAATTGCACTGAATTTAAATCTGAAAGTCAGAGGTGATTATTGATAGTAC 2321 TTTTGTATTTTGATATGGACAGTTTATTCATTTGCATACAGTTATTGACTTTTTCCCAGCTGATTAAAAGATAGTCAAGA 2401 AATTCTGCAATATAGCTGCCAAAATAGACAGCTACATTTTTATGATATTGTCATCTTTTCTGTTTTTTTTTTCTTTTTTT 2481 TCTTTAGCTATTTTACTTAAGCATAATAGCCACAATAGGACATATAAAAGATTATAAATACAGAGCTTTATTATCCTGAC 2561 GTCTTGGGTCTTTTAAGTATATACTTTTCTGAAAGGTATCCATTTTGTAGGCTTGGGTTCTTCATGAGCATACGATTGTT 2641 TATTTTTGCTGCTGTTCTCAACATCATCATTGCCTGCTGATGTGCCACGATGCTGCTCCAATAGACAGCAATAAGATTGT 2721 CTCTAATTTGAGCAGTAACATGATTGCAAGAGACCAAGTTTCACAGCTTGTAAAGTTCTGTATTTGGGATTCTTGCTTAT 2801 TTTTCCGCCTGTGTTTTTCTGAGAACTTATTCCTGATGATCAATTGAATCCAGTAGTTTTTCTATGCTATTTGTTGTTGT 2881 ATAAGCTACTGTAAGAAACTTATCATAAGGAAAAATAGAAAGGAAAACTTGAATCAATACTCATTGATTAAAATGGAATA 2961 AAGAAAGAGCAGCTGCCACTTTTAAACAACATAAAGGAATATCTTTTTTTGTCTCCGTGTAGGAAATCCCATAAGTTCTT 3041 ATATTTGTTCCAGTTCCCATTTCCTGCCATTGACCAGATAACATCATTGACTTTCAAATGACTTTTAGAAGTGATAACTC 3121 TTAATTTCCTAATAGATACTAGATTGTATTGAATTCTGTTTTAATTATTCTCTAGGTAAGTATGTTTTAGGATTAAATAC 3201 CTTTTACAGATACTGAAAGTGCCTCCTTTTGTGGTGTAAAAAACAAATTATGGTGCAAAAAGTAATCACTAGATTGAAAT 3281 ACATGAAGGTTTTTTGCTTTTTGACATACGAAAATGTCAAGAGAAAGGCCAAAGATTTGTACTTTTTCACTTACAAAGCA 3361 CTCCTTTTTCCCTTAAACTTCTTTCTGTCAAATTAGATTTAATGAGAGAGTACTATTTTTAAGGAGCTATCTGTTTATGT 3441 AGAATGATTTTGTTAAGAGTAATGTAAACTATTATTGAGTAGAGGCCTAAAGAGGACTGTGCATTTTTGCTATTTAAAGG 3521 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ATTTCTTTAGTTATCCAGTTAACTTTAAAACTGTTGTAAAAGTGTAAACCAGCCCATGACAGGTTTTTGTACATGTTAAA 4481 GAACTTCATTGTTCAGTTTTCATGATTATTGTGTAAGGAAGACTGATGTAGATGTTCTGTGCTGTCCTGGACCATGTTAA 4561 TTACACTTACGACGTATTTTAGTTCCACATCACAATGATTTGTCCCCAGTGACCCTTTTATCCTTTCTAGGCACATTTCT 4641 TGTTGTTGTTGTTGTTGCAGTTCCCCTTTGCATTGTATTGCTTTGACAACTGTAATTTGAATCAGATCTGAAAGAGGTCC 4721 AGAATAAAATATATTTTGATATTATGTTGGCTGTGTACATATATAAAACCTTTGATGTCTATGTAGTTTATATAGACTAT 4801 TTACTAGTCAGGTAAAGAGAGAGGGATGGTATTTCTTGTTTACAGTTTGTTTACATTTTAATTGCTTTTACTTCTCCAGT 4881 GTTCTATTGTAGAATAAACCTTTTTTTCCAAGTTAGCCTTCATAACCTATAACACATTCATTCTCTCCCATACTGGTGTT 4961 ACTGATTAATAACTGCCATCAGAACCCAAACCACTGTTTTTCATAAACGTATTGTTTCCCAAGATATATACTTTAAGCCC 5041 ATAATAAAATTACAAATTTTACTATTTTTATTACTTCTTGCAGGAGATAAGATTTTTTTAAATGAAGGGGTTATTTACTA 5121 TTTTTATTAAAGTATAATAGAGCATCTAATCAGCTAAGGGATTGTAATTTTTAATTCTTTTGAAAAATAAATATTGTATT 5201 TAAAAGACGTTATTTCACAGAAGCTGAAAAAGAGACCTTAGATAACATTTGTTTGGTTAGCCACACGGTTGAGCACAAAA 5281 CAATGTGTAGATGTGTTGAAGATTAGGGCAGGAGGCTCAACTTCTCGGTGACCTTTTTTTGCTTCACAACAAGCCAATTA 5361 TAGTTGAATCATTTTCTCTCTTAGCTAGTTGTTACTACAAACTTTATAAGAAAAACAACTAGACACCTTCTAGTTTTAAT 5441 TAATACCAACTCCTTTAGAGTTAGAGACTTTTTAAAAAGAATCATTGAGCATATTTTCTTTTTTTTTTTTTTAAGAATTT 5521 ACACTCTCTAGGTCTTCTATTTTTCCTGTTTATTTCCTTAAACAGAAATAAATTCAAGCATAGTTTTATGTTTTATTAGA 5601 AATAAGCCACTGCAGTTGCTAGAACTGACATGCTTTCATTTTCAAGGGGTTAACTTTTATTGCATGGCATAGATTATTAG 5681 TAATATCCTGCATTGTATACTTTTCCAAAAAGGGTTGGACTCCTAAGGATTAGAATCCTTATAAGCTTGAGGGAAAGCTG 5761 AAACTAATTTGAACAGTAATAGAAGGGATTATTTTTAATTTCATAGTTAACACTTTACAATGGATTAGATTTATTACCTA 5841 GTATAATCCGTAGCAGATCAGATCAAAGTTTACTGTTTTACCAATATATTCATTTGAAAAAATACAGTGGAGGAAAAGAC 5921 ACTTTAGATGGTAGTTTTATGGTGCTTTTCTCTGCTGTACCAAAGTGCTTTGTCATCAATGAAATGTTAACCCTATGCTA 6001 CTTTTTCTGCATGCTTCTTAAATGTCATCTTAATGCTTAATTGTCCTAACTTGTAATATTTTTGTATTAAATTTTTTTAG 6081 GAGTTCCTTGTAATTTCTTTACAATTTAAAATATATTAAACACAAAGTGTTTAGTAAAGTACAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | Jiyoye |
Tools used in this research | TargetScan |
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in Supplenentary. RNA binding protein: AGO2.
... - Riley KJ; Rabinowitz GS; Yario TA; Luna JM; et al., 2012, The EMBO journal. |
Article |
- Riley KJ; Rabinowitz GS; Yario TA; Luna JM; et al. - The EMBO journal, 2012
Epstein-Barr virus (EBV) controls gene expression to transform human B cells and maintain viral latency. High-throughput sequencing and crosslinking immunoprecipitation (HITS-CLIP) identified mRNA targets of 44 EBV and 310 human microRNAs (miRNAs) in Jijoye (Latency III) EBV-transformed B cells. While 25% of total cellular miRNAs are viral, only three viral mRNAs, all latent transcripts, are targeted. Thus, miRNAs do not control the latent/lytic switch by targeting EBV lytic genes. Unexpectedly, 90% of the 1664 human 3'-untranslated regions targeted by the 12 most abundant EBV miRNAs are also targeted by human miRNAs via distinct binding sites. Half of these are targets of the oncogenic miR-17 approximately 92 miRNA cluster and associated families, including mRNAs that regulate transcription, apoptosis, Wnt signalling, and the cell cycle. Reporter assays confirmed the functionality of several EBV and miR-17 family miRNA-binding sites in EBV latent membrane protein 1 (LMP1), EBV BHRF1, and host CAPRIN2 mRNAs. Our extensive list of EBV and human miRNA targets implicates miRNAs in the control of EBV latency and illuminates viral miRNA function in general.
LinkOut: [PMID: 22473208]
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MiRNA-Target Expression Profile | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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