pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-122 |
Genomic Coordinates | chr18: 58451074 - 58451158 |
Synonyms | MIR122A, MIRN122, MIRN122A, hsa-mir-122, miRNA122, miRNA122A, MIR122 |
Description | Homo sapiens miR-122 stem-loop |
Comment | The mature sequence shown here represents the most commonly cloned form from large-scale cloning studies . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-122-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 15| UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG |36 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | |||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
|
|||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
|||||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
Circulating MicroRNA Expression Profiling | Circulating MicroRNA Expression Profiling |
---|
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | KIF6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C6orf102, dJ1043E3.1, dJ137F1.4, dJ188D3.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | kinesin family member 6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_145027 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on KIF6 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of KIF6 (miRNA target sites are highlighted) |
>KIF6|NM_145027|3'UTR 1 ATTTCCAGGAAATATCCATCCATGAATTATGCCAGCAAGAATGAAGCACAGATGAAGGCAGCGCCCCTCACTTGCTCTGG 81 CTTCAGAAGTGAACTATGGGCTGCTGGGAGCAACTAGTGACTTTGATTCCCATGGAGGGGACTGTGTTTCTTTAAGGATG 161 CTGACCTGGAGGCCACCGAGAGGCTGGGGCTGGGGCTGACCACAACATCCTTCCTGTGGTTGCTGGAGCTGCTGGCAGGG 241 CCAGGCAAGGCCAGAGTGCTAGGGGCAGGGTGAAGGCTTCAGCTCACTGTTGTAGTGACGTTTTGTGTAGATCTTTATAA 321 GCTTTTGAGAATGTGAAATAGCACCATCAAAATATAATGTCAGAGGATGCTCACACCAGTGGAATGTGGGGGGAATATTT 401 TTATTTTTAACGATTTGCCAGCTCTCTCCCTTGGCCCGTGCTCTGGTTTGGAAGCCCAGAAATGGCCATGACAGGTCCAG 481 GCAGGATGTCCCAGCCACAGGCAAGGCAGTGGAATGCAGGGCATCCTGAAGGCCAATCCTGATCTCCCAGACCACATCTT 561 TCACCATCAGCCTCTTGGCCAGGATGACCTGGAGGCAGTGCCTGAACAGCTGTGTCTCCAGGGAGCCATCTGCCCTGCAG 641 GGTCTAAGGACATCATAGCACCCAGAGAACAGTGGGCAGCTCCCAGGGGCTCTGCTGAGAGCTTGAGAGAGGGCAGTGTG 721 GGTACCTTGGGCCTCACAACCTTCACCCAGCCACTTGGGAGGATTTGGGCTGACACTCCCCACTTCCACAGGGAAAAACA 801 TAGCTGCCTGGGGGTCTTGTCTCCATGGGCCCTCTCCATGACAGATCCAAGGGAAGGTGGGCAGCCCTCAAGGAGGTTCT 881 TGAAGAACTGCCCCCTGGGCCAGGGGGTTCCAACCCAGCTGCAGCCAGGGAGGGGCAGCGGAGGGTGAGCAGGAGTGGCA 961 CCTGGAAATGAAGCTAACTGGATAAAAGTGCTGGTCCACTGCTCCTGGTGTCTCTGTCCTATAAATACAGGACCTGATGA 1041 CCCTGGAGGGGAGCAGAGTGGTAATATAGTATAATTGGCTTGATTTTCTTTTTCGTTTTTTAGGACTGGGTAACAGGATC 1121 ATGCAGGAGAAGATTAAACCATTACATTTCTAAGCTAGGCAGGCCCATCGAGCTCCTCTAATCCACACCCCTATTTTATA 1201 TAATTAGAAGGCCAGAGTGAAGGGGAGATTCAGCTTGCTGTTCTATGCCACTGACAAATGTCCCCTCTTCAGGGGGCTTC 1281 CCCTGACCACTCCATCTCGAGTCACCCCCTAGTTATCCCCTATCCCATTACCATTTTTTCTGCATCACTATCTGACATGT 1361 TATCCTTCCGAACTTGCCTATTTTTGAAATACCTGCAACCCCCCATAATACTAAGAGCTCCAATGCAACAGGGACCTGTT 1441 TGTCTTGCTCATTGCTGTGTCCCAAGCACAGAGTCGCTGTTCAGTAAACGGTCCTTCAGTTCATGAGTAGACGAGCCAGA 1521 ACCCAGATGTGTTTCTCAGGCTGGTGTCACTCTGACTTCCCCCAGGCTCTGACTGAATCCCATCGGGACAGGGGCCAGCA 1601 TCTCTGGTCCACTCCTGGCCCTCACAGTTCAATGGAACATAGTAAGCCCTCTGTAAAGTCTGTAGAACCAGAGGAAGACC 1681 AAATTCTGATTCTAGAAGCCTCCCCAAGAGTCCATGGAACACACATGTAACTGCACACACACACACACATACACACACAC 1761 ACTCTCAAGAGCCCTGAAGATGGCATGGCATTTGCCCCAGTCCCCTATGTAGCAGCAGCAGTATTCTTGGCATGCCTTAG 1841 TGCCCTCAGCCCTCTAGAGCTGGGTAGAGTCTACTAACTTTTATTTTCTTTTATTTTTACTTTCTTTTATTTATTTTTTG 1921 AGATGGGGGGGGTCTCTGTCAGCCAGGCTGGGGTGCAGTGGTGCGACCATACCTCACTAGTCAGCCTCCAACTCCTGGGC 2001 TCAAGCCATACTCAGCCTCCAACTCCTGGGCTCAAGCGATCCTCTCACCTCAGCCTCCAAAGTAGCTGGAACTACAGGCA 2081 TGCACCACCACACCTAGCTCGTTTTAAATTTTTTGTAGAGACAGGGTCTCACTGTGTGGCTCAGGATGGTCTCAAATTCC 2161 TGGCCTTAAGCGATGCTCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTGCAGGCATGAGCCACATACCCTGCCAGAGTCTT 2241 TCAACATTAGATCTCCCACTGAGACATCATCTCCTGGATCCAAAGGCCTTACTGACAGAGATGTGTGGCATGGCCCCATG 2321 CGGGGTGTGAACCAGCCTCCTGGGGCAATCACTAAGACAGGAAAGGAAATGAAGACAGAAAAACACACAACATGGGATCT 2401 GGGGCCACTGGTGTCCAGAGCATATGCAAAGTGTGTGCAGCAACTGGCCAAGGGGCCTTTTGCTCCGAACATCCCCTAAT 2481 GGAAGCCCAGCCTTTGATATGGACACATGCTTGACAGCAGTGCACCTTCCCAGAGTTCACTGGCCTCTGCAAATGGGAGA 2561 AATTGATGCAATGTTTTGAAAAGACTTTCCAGCAATCCACCTGGGATCAGTGGAGCCACGGATGACAAGAAGTATCTGAG 2641 TTCACTCTAGGCCAAAATGTGGGATTTTCAAAAACATTTTCTGGAAAGCAGCCTAGCCAGTGACTCCAGCCCAGTCCCTG 2721 CTAGAATTCAACTGGCTCTACCAATCCCTTGACAAGAAGTAGGGTGGACGGAGGTTGGAGGAGGGAAGTTAAAATGTAGC 2801 TTGCCCAGATCTTGCTAAAAAGGAGTTTTAGAAAGCAGATAGAGAAATTGTGGTATACTGAATACATCATTTTAATTCTT 2881 CACCACCAGTATAGAATTACACATCCAAAGCTTTGTCATGGCCCACTTTGACTAATGTGGTGTTGGCAAACCTGATCCAG 2961 GCAGAGGCTTGAATTGTGCTCTCATGGTTGAGCTTGCCTCTTGCTCCAGTGATCTCTCTTGGGATGAACATGCCATGGGT 3041 AGCTGCTGCCCCTTCAGCCTGGAACATCCAGAGAGCAGACCTGAGCCCAGTCTACAGCCTGGAGCAGAGCCTCCCAGGCA 3121 AGCCCAGCCCAGATCAGCTGAACTATGGCTCACCCAAAGACCTATTGGCATGAGAATATATGCTGCTTGTCATAAACCAC 3201 TGAGGTTTAGAGTGGTTTGTTATATAGCATTAATTGTAGCAATAGCAGACTGGCACAGAAATTGGAACCCAGAGACAGTA 3281 TATGACTGGATCTAGGATTTCTCAGTGCAGAGTTCATTGTCTCTCCATGCAGCCTGTGGAAAGGCACTGAGAGCATCCTG 3361 TATATGGAAAAGCAGGACCACCACCTACAGCCATGATGAAGCAACAAGGACCTGATTTACCCTCCTGCTTTAAATGACTA 3441 AAAATGAGACAAAATCCTCTATACAAACCAATGGTTTTCAGCCATTGGATAACAAGCAATATAGGGTATGATTGATCCGC 3521 AAGAGAAGGGAAACAAGTGAGGGGAGCCCTATGATTGCTCCAACTTACTGCCTGCAGTGAGTTTTCAGGCTGCAGCCCAG 3601 GAAGGGGGAACCAGGTAGAGCCCAGTGGTTTCCCTGAGTTGAGGAAATGGAGCTGGGAATCCAGGGAGGACAAAGTGGCT 3681 TAAATTTGCAAGGCAGAGTCCCAGGGATGAGAGAGAGAGAAGGAGAGAGAGAGGAGAAAAAAGAGAGAGAAAGAGAGAGA 3761 GCATGCTCTGGAGATCTTCAGAGGGTTACCCTTGAGTCTTCAGCTAACTACCGATCAACATCTGCATGTGAAGAAATTAC 3841 CCAAGGCAGGGGAAAGAACCACCAGGAGGAAGCAGGTGGAATAATTTCCTGAGATAACACTGTGTTGGGAAGAGTTCATG 3921 TTTCCAACAGCCAGAGTGGAGAAACCTCCCAAAACAGTCATTGTATAGAGACACATAAGGTACTGCCTCAGAAGTGGGGC 4001 CAAATTAGTCCTAGATGATAGATTGCTCTGGTCCCACCTAACAAAGCTTAAAAAGCCAGCCCCAAAGGAGTCAAATTGTT 4081 TCCAGTAAGTTTCCAAGTAACTTCAATGAGTCCCAAAACAAAGCTTCAAAATATCTAAAGGAATATGAAAAACAAACCAA 4161 AAAGAAACCAGCATCCAACAATATAGAATCCACAATGTCTGGTGTCCATTAAAAAATAATCAGGCATGCAAAGAAGCAGG 4241 AAAATATGGGCCATGAGAGGAGAAAAAACCATCAATAGAAATAGAGGCCGGGTGTGGTGGCTCACTCCTATAATCCCAGC 4321 ACTTTGGGAGGCCGAGGCAGGAGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTCAAGAACAGCCTGTTCAACATGGGGAAACCCCGTCT 4401 CTACTAAAAATACAAAAAATAGCCGGGCATGGTGTTGCGTACCTGTAATCCCAGCTACTCAGAGGCTGAGGCAGGAGAAT 4481 TGCTTGAGCCCAGGAGGCAGAGGTTACAGTGAGCCGAAATTGTGCCATTGCACTCCAGCTTGGGCAACAAGAGTGAAACT 4561 CTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAGAAAAAACAAATAGAAACAGCCCCAGGCATGGCACAGTTGATAGAGTAAATAGACAGAA 4641 ACATTTTTTAAAATGCAATGGGTGTGTGTTTCAAATCTAGGCAGAAAAAATGCTCCTTGTAATTCCTTAAACATAAGCAT 4721 GTCTCATTCATCTGGTCATTGTTTTGACAAGGATGTGCCATCCATTGTGCTAAGTTCTGAGGAGTCAGAGGTGACAGAGA 4801 CAGAGAAAGTGCCAGCATTCTTGGAACCTTCTAACGAAGGAGAGGGACAAGCCAGGCATGGTGGCTCACGCCTGTAATCC 4881 CAACACTTTGGGAGACTGAGGCTGGCGGATCACGAGGTCAGGAGTTTGAGACCAACCTGGCCAACATGGCGAAACCCCAT 4961 CGCTACTAAAAATACAAAAATTAGCTGGGTGTGGTGGTGCGCACCTGTAATCCCAGCTACTCTGGAGGCTGAGGCAGGAC 5041 AATCACTTGAACCCTGGAGGCAGAGTTTGCAGTGAGCTGAGATCGTGCCACTGCACTCCAACCTGGGCAACAAGAGCGAG 5121 ACTCCTTCTCTGAAAAAAAAAAAAAGAGAGGGACAATAAACAAGTAAGCAAGACAATCTGATTAAGAAGGAGTTGGGGTT 5201 AGCTGGGCATGGTAGCAAGCGCCTGTAGTCTCAGCTACTCGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCCTTGAACCCAGGAGGTTA 5281 AGGCTGCAGTGAGCTGTGATCACACCACTGCACTCCAGCCTGGATGACAGAGCAAGACCCTGTCTCAGAAAAAGAAGAAG 5361 GAGTTGGGGGTGGGGTAGGATGGGCTTGGACTCACTATCAAGGTGGGTGGGAGTGTGAGAACCCGGCAAGGTGCAAAGAG 5441 AGAAGCAGGGAAGGGAAGCTTAGGACAATGATGGCAGGTTGGGTATTGGGTGATGGGAAGAGGCAAAGGACGTGGAGCTT 5521 GGCAAAAAGGGGACTTGTGGGGATTTGGGCCATGTGAGCATGTGGGGGAGACAGTGTTCCTTCCATAACACGTGTCCAGG 5601 GACTGCCAGGGCTCCGAGGCAGAGCAGGTGTAGAGAGGTTGGCTGTGAATGTTGGATGTTGAAAACATATGTGTCAAATG 5681 TGGGAGGAAAAAGCAGTGTTTCCTTGAATACAAGCTCCTCCTCACCTTGCGAAAAGTGGCCTCTGAGTGTAGCCCTGAAT 5761 GCATCTCCCAAGGAATAGGAGGAAGCAGCAACCTTTTCAGAGTTAACTGCTTTATTTGGGTTTTCCATGGCCTCGTGCCA 5841 GCCAGCAGGGCTGAGCCAGTTTCACCCACACTGAGAGGGAACTCAGCAAAGAGCAAGCAGCATGCCAGCTGGTACTCTTC 5921 CCTCTCCATTCACTCAGCTCCTGATCTCAGGAGGGCAGCCCCTCCCCAGGCCAGCACCCCTCCCCTTCTGGCCCCAGGTG 6001 TGGGATGTTGTTGTTTTCTTTTCTCCGAAACATCTCCTGGGTTTGTCTTTTCCATCACTGTCTTTAGACTGAGGCAAGCA 6081 GTCCCCATGCCTTCAGCCCCATGTTTTGGGGGTAACCTGTGCTTTGACATGCTTTGCTAAAAACTTTCTAAGTCTCCCTC 6161 TGGTGCTGGGACCAGCCATGACCAACAACGTCATCCATGCAGGCCACCCCTAACATAGTCCAGGCCTCATGTGGGTCTCA 6241 GTTCCCTTTTCTTCTTTCAGGAAGTTCTCCAGTGCATGCATAGGGTTGACCAGATGTCCCAAGGTGCTCTAGGACTTATG 6321 CCTATGAAGCTGTTTTAGGGCTTCCTAGTCAGTCCCTGGTTCCAGGAAAGCAGCCTGATGAGGAGATCATTCCCGCTGGC 6401 TGGTGTGGCATTTCTTTTATGGCACTACCTGGGATTGGGCCACCAGACCTGCGCTAACATGCTGATTTGATGGACTCTTA 6481 ACATCATAGGACAAAGAATCGTCATGTGAACCAATTAGACAATAAACAAATGCCTAAGTGCC Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Conditions | HeLa |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
HITS-CLIP data was present in Chi_124A_2A8_130_50. RNA binding protein: AGO. Condition:HeLa cell miR-124 + A
... - Chi SW; Zang JB; Mele A; Darnell RB, 2009, Nature. |
Article |
- Chi SW; Zang JB; Mele A; Darnell RB - Nature, 2009
MicroRNAs (miRNAs) have critical roles in the regulation of gene expression; however, as miRNA activity requires base pairing with only 6-8 nucleotides of messenger RNA, predicting target mRNAs is a major challenge. Recently, high-throughput sequencing of RNAs isolated by crosslinking immunoprecipitation (HITS-CLIP) has identified functional protein-RNA interaction sites. Here we use HITS-CLIP to covalently crosslink native argonaute (Ago, also called Eif2c) protein-RNA complexes in mouse brain. This produced two simultaneous data sets-Ago-miRNA and Ago-mRNA binding sites-that were combined with bioinformatic analysis to identify interaction sites between miRNA and target mRNA. We validated genome-wide interaction maps for miR-124, and generated additional maps for the 20 most abundant miRNAs present in P13 mouse brain. Ago HITS-CLIP provides a general platform for exploring the specificity and range of miRNA action in vivo, and identifies precise sequences for targeting clinically relevant miRNA-mRNA interactions.
LinkOut: [PMID: 19536157]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset Chi_124A_2A8_130_50 | |
Method / RBP | HITS-CLIP / AGO |
---|---|
Cell line / Condition | HeLa / HeLa cell miR-124 + A |
Location of target site | ENST00000287152.7 | 3UTR | GGGGGCUUCCCCUGACC |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 19536157 / Chi_HITSCLIP |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
ID | Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
|||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
![]() ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||
MIRT000012 | CYP7A1 | cytochrome P450 family 7 subfamily A member 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT006421 | WNT1 | Wnt family member 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT000364 | IGF1R | insulin like growth factor 1 receptor | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 3 | ||||
MIRT000365 | SRF | serum response factor | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 1 | ||||
MIRT000663 | RAC1 | Rac family small GTPase 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
5 | 2 | |||
MIRT000717 | RHOA | ras homolog family member A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT006123 | PRKRA | protein activator of interferon induced protein kinase EIF2AK2 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 1 | ||||
MIRT003006 | CCNG1 | cyclin G1 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 4 | ||||
MIRT003081 | ANK2 | ankyrin 2 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003082 | NFATC2IP | nuclear factor of activated T-cells 2 interacting protein | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003083 | ENTPD4 | ectonucleoside triphosphate diphosphohydrolase 4 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003084 | ANXA11 | annexin A11 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 2 | ||||
MIRT003085 | ALDOA | aldolase, fructose-bisphosphate A | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 2 | |||||
MIRT003086 | RAB6B | RAB6B, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003087 | RAB11FIP1 | RAB11 family interacting protein 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 2 | ||||
MIRT003088 | FOXP1 | forkhead box P1 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003089 | MECP2 | methyl-CpG binding protein 2 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 2 | |||||
MIRT003090 | NCAM1 | neural cell adhesion molecule 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 3 | ||||
MIRT003091 | UBAP2 | ubiquitin associated protein 2 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003092 | TBX19 | T-box 19 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003093 | AACS | acetoacetyl-CoA synthetase | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003094 | DUSP2 | dual specificity phosphatase 2 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003095 | ATP1A2 | ATPase Na+/K+ transporting subunit alpha 2 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003097 | MAPK11 | mitogen-activated protein kinase 11 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003098 | FUNDC2 | FUN14 domain containing 2 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003099 | AKT3 | AKT serine/threonine kinase 3 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 3 | |||||
MIRT003100 | TPD52L2 | tumor protein D52 like 2 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 3 | ||||
MIRT003102 | GALNT10 | polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 10 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 2 | ||||
MIRT003103 | G6PC3 | glucose-6-phosphatase catalytic subunit 3 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 2 | ||||
MIRT003104 | AP3M2 | adaptor related protein complex 3 mu 2 subunit | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003105 | SLC7A1 | solute carrier family 7 member 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 4 | ||||
MIRT003106 | XPO6 | exportin 6 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003107 | FOXJ3 | forkhead box J3 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003108 | SLC7A11 | solute carrier family 7 member 11 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003109 | TRIB1 | tribbles pseudokinase 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003110 | EGLN3 | egl-9 family hypoxia inducible factor 3 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003111 | NUMBL | NUMB like, endocytic adaptor protein | ![]() |
![]() |
![]() |