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pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-15a |
Genomic Coordinates | chr13: 50049119 - 50049201 |
Synonyms | MIRN15A, hsa-mir-15a, miRNA15A, MIR15A |
Description | Homo sapiens miR-15a stem-loop |
Comment | Reference . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-15a-5p | ||||||||||||||||||
Sequence | 14| UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG |35 | ||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | ||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
Circulating MicroRNA Expression Profiling | Circulating MicroRNA Expression Profiling |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | CLEC2D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | CLAX, LLT1, OCIL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | C-type lectin domain family 2 member D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_001004419 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_013269 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on CLEC2D | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of CLEC2D (miRNA target sites are highlighted) |
>CLEC2D|NM_001004419|3'UTR 1 CAAAGGTGCCAGTAGTGCCAGGCACTACACAGAGAGGAAGTGGATTTGTTCCAAATCAGATATACATGTCTAGATGTTAC 81 AGCAAAGCCCCAACTAATCTTTAGAAGCATATTGGAACTGATAACTCCATTTTAAAATGAGCAAAGAATTTATTTCTTAT 161 ACCAACAGGTATATGAAAATATGCTCAATATCACTAATAACTGGGAAAATACAAATCAAAATCATAGTAAAATATTACCT 241 GTTTTCATGGTGCTAATATTACCTGTTCTCCCACTGCTAATGACATACCCGAGACTGAGTAATTTATAAATAAAAGAGAT 321 TTAATTGACTCATAGTTCCACATGGCTGGGGAGGTCTTGCAATCATGACAGAAGGCAAATGGGAAGCAAAGTCATGTCTT 401 ATGTGGTGGCAGGCAGGGGGACTTGTGCACAGGAACTCCTATTTATACAACCATCAGATATCTTGAGACAAGAACAGTAT 481 GGGGCTCCCTGGTGTGATTCCGTCCTGCGCGGCTGTTCTCTGGAGCAGCATTCATTTATCTTCGTCTGCCTTGTCTCCTA 561 CCTAAGTGTGTGTCGCCACCCGATGGAAGATTCGATGGACATGGACATGAGCCCCCTGAGGCCCCAGAACTATCTTTTCA 641 GTTGTGAACTAAAGGCCGACAAAGATGATCACTTTAAGGTGGATAATGATGAAAATGAGACCAGTTATCTTTAAGAACGG 721 TCAGCTCAGGGGCTGGTGCAAAGGATGAACTGCACATTGTTGAAGCAGAGGCCATGAATGACGAAGGCAGTCCAATTAAA 801 GTAACACTGGCAACTTTGAAAATGTCTGTACAGCCAACGGTTTCTCTTGGGGGCTTTGAAATAACACCACCAGTGGACTT 881 AAGGTTGAAGTGTGGTTCAGGGCCAGTGCATATTAGTGGACAGCACTTAGTAGCTGTGAAGGAAGGTGCAGAGTCAGAAG 961 ATGAAGAAGAGGAGGATGTGAAACTCTTAAGTATATCTGGAAAGCAGTCTGCCCCTGGAGGTGGGCAGAAAAAAGTAAAA 1041 CTTGCTGCTGCTGCTGATGATGATGATGATGAAGATGATGATGATGATGATGACGAGGAAGCTGAAGAAAAAGCGCCAGT 1121 GAAGAAATCTATACGAGATACTCCAGCCAAAAATGCACAAAAGTCAAATCAGAATGGAAAAGACTCAAAACCATCATCAA 1201 CACCAAGATCAAAAGGACAAGAATCCTTCAAAAAACAGGAAAAATCTCCTAAAACACCAAAAGGATCTAGTTCTGTAGAA 1281 GACATTAAAGCAAAAATGCAAGCAAGTATAGAAAAACGTGGTTCTCTTCCCAAAGTGGAAACCAAGTTCATCAATTATGT 1361 GAAGAATTTCTTCTGGATGACTGACCAAGAGGCTATTCAAGATCTCTGGCAGTGGAGGAAGTCTCTTTAAGAAAATAGTT 1441 TAAACAATTTGTTAAAAATTTTCCATCTTATTTCATTTCTGTAACAGTTGATATCTGGCTGTCCTTTTTATAGTGCAGAG 1521 TGAGAACTTTCCCTACCATGTTTGATAAATGTTGTCCAGGTTCTATTGCCAAGAATGTGTTGTCCAAAATGCCTGTTTAG 1601 TTTTTAAAGATGGAACTCCACCCTTTGCTTGGTTTTAAGTATGTATGGGATGCTATGATAGGACATAGTAGTAGCAGTGG 1681 TCAGACATGGAAATGGTGGGGAGACAAAAGTATACACGTGAAATAAAACTCAGTATTTTAATAAAGTAAAAAAAAAAAAA 1761 AAGGTATGGGGAAAACTGCCCCCATAAAGCAATTGTCTCCACCTGGCCCTGCCCTTTGCATGTGGAGATTATTACAATTC 1841 AAGGTGAAATTTGGGTGGAGACACAACCAAACCATATCAGATGGCTATATCAAAAAGACAAGAAATAACAAGCATTGGTG 1921 AGAGTGTGGAGAAGACGGAACCCTTGTACACAGTTGGTGGGAACACAGTTTGGTGCAGCCATTATAGAAAACGTCATGGA 2001 GGTTCCTAAAGAAATTAAAAAGAGAACTACCATATGAGCCAGCAATCCCTTTTCCAGATATACACCCAAAGGAAATGAAA 2081 TCACCACCTCATAAAGATATCTGCTTTCCTGTTTATTATAACACATCTTTATTCATAATAGCCAAGATACGGAACTAACT 2161 GAAGTGACCATTAACAGATGAATGGATAAAGAAATTGTCATATATATAAAACACACACATTATATACATACATACATATA 2241 TATATATATATAAAAAATAGAATATTATTCAGCCTTGTAAAAAGAAATCCTGTTATGTTGGGAACAAGCCCCCCAAAATC 2321 TGGCCATAAACTCACCCCAAAACTGGCCATAAACAAAATCTCTGCAGCACTGTGACATGTTAGTGATGGCCATAACACCC 2401 ACGCTGGAAGGTTGTGGGTTTATGGGAATGAGGGCAAGGAACACCTGGCCTGCCCAGGGTGGAAAACCACTTAAAGGCGT 2481 TCTTAAGCTACAAACAATAGCATGAGCGATCTGTGCCTTAAGGACATGTTCCTGCTGCAGTTAACTAGCCCAATCTATTC 2561 CTTTAATTCGGCCCATCCCTTCATTTCCCATAAGGGATACTTTTAGTTAATTTAATATCTATAGAAACAATGCTAATGAC 2641 TGGCTTGCTGTTAATAAATACATGGGTAAATCTCTGTTCTGGGCTCTCAGCTCTGAAGGCTGTGAGACCCCTGATTTCCC 2721 ACTTCACACCTCTATATTTCTGTGTGTGTGTCTTTAGTTCCTCTGGCGCTGCTGGGTTAGGATCTACCCGACTGAGCTGG 2801 TCTCAGCACTGTTATTTGAAACAATGTAAATAAACCTATAGGGTTTATTATATATACTAAGTGAAATAAGCCAGACACAG 2881 AAAAAAAATGTTGCATGATCTCACTTATAGTGAAACTTAAAAAAAAAACCCAAATACATAGAAATAGAGTAGAATGGTGG 2961 TTACCAGAGATGAGGAAAATACAGAGACACAGGTCAAAAGATACAGAGTTGCAGTTACAAAGGGTGAGTATGTCTAGATA 3041 TCTAACATACAGTATGAGGACTATAATAGTATTGCACTGTGTACTGAAAACTTGATGACAGATTTTAGATATTCTTACCA 3121 CACAGACAAAAAGAAATGTAAGTATGTGAGATGAAGCTTATGTTAATTAGATTAAGTGTATGTACATAAAAACATCACAT 3201 TATACACATCAAATATATACAATAAAAAAGCACATTGGGAGATACATGATAAATTTCTATCTGCAGTTGCTATTTGCATT 3281 TTTAAAGGATATTTTTATTTTTTAAATTTTTAGCTGACAACTGTATAATTATGGAATACAATGTGATGTTCTGATATATG 3361 TGTACACTATGGAATGATTAAATCAAACTAACATTTCATCATCTCACATACTTATCATTTTCTGTGGTGAGAACATTTGA 3441 AATTTATTCTCTTGACAATTTTGAAAGATCCAATACACTATTATTAACTATAGTCACTATGCTGTGCAATAGATCTCAAA 3521 AGCTTATTCCTCTTAACTGAAACCTACTACCCTGTGACATGTGGGGAACATCTCTCTATTCCCCAGCCCCAGTCCCTAAA 3601 TGTTGAATACACAATGGGGAAAAAATAGTCTTCAATGAATGGTGGTGGGAAAATTGTATATCCACATGCAGAAGAATAAA 3681 ATTGGACCCTTACCTCCTACCATATATAAAAACCAACTGAAAATCGATTAAAGACTTAAACTGTAAAACTACTAAAAGAA 3761 AATATAGGGAGAAAGCTTCACAACGTTGGTCTGGGCAATAATTTTTGGATTTGACCTCAAAAGTAGATGCAACCACAGTG 3841 AAAATAAACAAATGAAATTGCATAAAATAAAAAATGTTTCTGCACAGCAAAGGAAATAATTAATGGAGTAAAGAGACAAC 3921 TTACAGATTGGGAGAATATATTTCCAAACTATTGTTGGGGCTCAGAAACGGATACCCTAACATATAGTGATTTGACAGGT 4001 GGAACTAAAGAAGACTCGAGGTCTCTCTGACCTCCTCCTCAACCTCTGTTTCTTAATCCTCTGTTTTCCCAGAGCACAGG 4081 AGGAAGTTCTCTGAAGTTCCTTTATCTGCTTTAAGTTCAGACTCACCAAATAAGAAAACAGTTAATTCTGGTGCCTTCCA 4161 TGGGTTTTCATTAACTGAAGTCATATTGTAGGAAAAAGAATGAAGTCTCTTAACCCACCTGGATAGATTTTTCTCACAAA 4241 CCATTGTCTTCTCTGCAAGCCCAGTAGACTTTGTCCCAGGCCATTTATGTGATCTTCACCCCATTAAGTTCTCCCCAAAT 4321 TATTTACTCTTCCCCCAAAATCACCCACACTTCCCCATCTCCCTCTCCCCTAAGGACAAGGGTATATCACCATCTATACC 4401 CCATTGCTTGGTGGGGTGATCACTCTGATTCTCTGCATGCATTTTTATAGATTTGTTTGCCATTTATCCTATTAATCTGC 4481 ATTCTGTCAATTGTGGCAAGTTATCAGCATATTTTTTAACTTTTAATTATTCTTAATGGAAAGACACTTCTGTATACACT 4561 GGAAATCTCAGGAAATTTCTTTTTTCCTTAAGCTTAATTGAAATGTTTACTTTTCAGTAAAATTTCAAGCTTGAGTAATG 4641 TTCATGCCTGCTTTTCATTGAAATAGAATGAAAAGGTTGCACAATATTATTTTCATGAAATTACTTCTAGTATAATTCTG 4721 AATAAACACTTTGAAAGGCAGTGAACTGTAAATA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
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miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
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Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545212. RNA binding protein: AGO1. Condition:Control
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
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miRNA-target interactions (Provided by authors) |
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Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
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Experimental Support 2 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Conditions | HCT116 |
Location of target site | 3'UTR |
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha |
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in ERX177605. RNA binding protein: AGO2. Condition:KO_D_AGO_CLIP_2_7
PAR-CLIP data was present in ERX177629. RNA binding protein: AGO2. Condition:KO_D_AGO_CLIP_4_7
... - Krell J; Stebbing J; Carissimi C; Dabrowska et al., 2016, Genome research. |
Article |
- Krell J; Stebbing J; Carissimi C; Dabrowska et al. - Genome research, 2016
DNA damage activates TP53-regulated surveillance mechanisms that are crucial in suppressing tumorigenesis. TP53 orchestrates these responses directly by transcriptionally modulating genes, including microRNAs (miRNAs), and by regulating miRNA biogenesis through interacting with the DROSHA complex. However, whether the association between miRNAs and AGO2 is regulated following DNA damage is not yet known. Here, we show that, following DNA damage, TP53 interacts with AGO2 to induce or reduce AGO2's association of a subset of miRNAs, including multiple let-7 family members. Furthermore, we show that specific mutations in TP53 decrease rather than increase the association of let-7 family miRNAs, reducing their activity without preventing TP53 from interacting with AGO2. This is consistent with the oncogenic properties of these mutants. Using AGO2 RIP-seq and PAR-CLIP-seq, we show that the DNA damage-induced increase in binding of let-7 family members to the RISC complex is functional. We unambiguously determine the global miRNA-mRNA interaction networks involved in the DNA damage response, validating them through the identification of miRNA-target chimeras formed by endogenous ligation reactions. We find that the target complementary region of the let-7 seed tends to have highly fixed positions and more variable ones. Additionally, we observe that miRNAs, whose cellular abundance or differential association with AGO2 is regulated by TP53, are involved in an intricate network of regulatory feedback and feedforward circuits. TP53-mediated regulation of AGO2-miRNA interaction represents a new mechanism of miRNA regulation in carcinogenesis.
LinkOut: [PMID: 26701625]
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CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545212 | |
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO1 |
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Cell line / Condition | HEK293 / Control |
Location of target site | ENST00000261340.7 | 3UTR | UAAAACUUGCUGCUG |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ID | Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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MIRT000280 | BMI1 | BMI1 proto-oncogene, polycomb ring finger | ![]() |
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5 | 3 | |||
MIRT000282 | WNT3A | Wnt family member 3A | ![]() |
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3 | 2 | |||||
MIRT000283 | MYB | MYB proto-oncogene, transcription factor | ![]() |
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![]() |
![]() |
5 | 3 | |||
MIRT000284 | CDC25A | cell division cycle 25A | ![]() |
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![]() |
![]() |
4 | 4 | ||||
MIRT000285 | CCND2 | cyclin D2 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 7 | ||||
MIRT000815 | BCL2 | BCL2, apoptosis regulator | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
6 | 13 | ||
MIRT001227 | CCND1 | cyclin D1 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
6 | 8 | ||
MIRT001228 | CCNE1 | cyclin E1 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
7 | 10 | |
MIRT001802 | BACE1 | beta-secretase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT002946 | DMTF1 | cyclin D binding myb like transcription factor 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 4 | ||||
MIRT003333 | BRCA1 | BRCA1, DNA repair associated | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT003334 | AKT3 | AKT serine/threonine kinase 3 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 6 | |||||
MIRT003888 | CADM1 | cell adhesion molecule 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003891 | TMEM184B | transmembrane protein 184B | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003899 | APP | amyloid beta precursor protein | ![]() |
![]() |
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![]() |
4 | 3 | ||||
MIRT004046 | UCP2 | uncoupling protein 2 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT004275 | VEGFA | vascular endothelial growth factor A | ![]() |
![]() |
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![]() |
![]() |
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![]() |
7 | 17 | |
MIRT004680 | TSPYL2 | TSPY like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT005552 | CHUK | conserved helix-loop-helix ubiquitous kinase | ![]() |
![]() |
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![]() |
4 | 1 | ||||
MIRT005763 | TP53 | tumor protein p53 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT006027 | FGF7 | fibroblast growth factor 7 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT006176 | CLCN3 | chloride voltage-gated channel 3 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 1 | ||||
MIRT006177 | CRKL | CRK like proto-oncogene, adaptor protein | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
6 | 3 | ||
MIRT006181 | MN1 | MN1 proto-oncogene, transcriptional regulator | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 1 | ||||
MIRT006801 | HMGA1 | high mobility group AT-hook 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 2 | ||||
MIRT006805 | HMGA2 | high mobility group AT-hook 2 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT006913 | IFNG | interferon gamma | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT006998 | PURA | purine rich element binding protein A | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT007090 | RECK | reversion inducing cysteine rich protein with kazal motifs | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 3 | ||||
MIRT051345 | FOXO1 | forkhead box O1 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 2 | ||||
MIRT052930 | REPIN1 | replication initiator 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT054283 | YAP1 | Yes associated protein 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT054424 | CARM1 | coactivator associated arginine methyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT054895 | SOX5 | SRY-box 5 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT100364 | HSPA1B | heat shock protein family A (Hsp70) member 1B | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 8 | |||||
MIRT438163 | PHLPP1 | PH domain and leucine rich repeat protein phosphatase 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT438610 | RET | ret proto-oncogene | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT571824 | PHF19 | PHD finger protein 19 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
5 | 2 | |||
MIRT659260 | CUL3 | cullin 3 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
5 | 2 | |||
MIRT731341 | CXCL10 | C-X-C motif chemokine ligand 10 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT736201 | DRD1 | dopamine receptor D1 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 0 | |||||
MIRT000804 | RAB9B | RAB9B, member RAS oncogene family | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT000806 | ACTR1A | ARP1 actin related protein 1 homolog A | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT000808 | TPI1 | triosephosphate isomerase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT000810 | PDCD4 | programmed cell death 4 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 2 | |||||
MIRT000812 | RAB21 | RAB21, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000817 | WT1 | Wilms tumor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000819 | ASXL2 | additional sex combs like 2, transcriptional regulator | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000823 | TMEM251 | transmembrane protein 251 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000825 | CARD8 | caspase recruitment domain family member 8 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000827 | CDC14B | cell division cycle 14B | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000829 | CENPJ | centromere protein J | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000831 | CEP63 | centrosomal protein 63 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000833 | CREBL2 | cAMP responsive element binding protein like 2 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 5 | ||||
MIRT000835 | ECHDC1 | ethylmalonyl-CoA decarboxylase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000847 | GOLGA5 | golgin A5 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000849 | GOLPH3L | golgi phosphoprotein 3 like | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000851 | GTF2H1 | general transcription factor IIH subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000853 | H3F3B | H3 histone family member 3B | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000855 | HACE1 | HECT domain and ankyrin repeat containing E3 ubiquitin protein ligase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000857 | HDHD2 | haloacid dehalogenase like hydrolase domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000859 | HERC6 | HECT and RLD domain containing E3 ubiquitin protein ligase family member 6 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000863 | HRSP12 | reactive intermediate imine deaminase A homolog | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000865 | HSDL2 | hydroxysteroid dehydrogenase like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000866 | HSPA1A | heat shock protein family A (Hsp70) member 1A | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000868 | JUN | Jun proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000878 | MCL1 | MCL1, BCL2 family apoptosis regulator | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000880 | MSH2 | mutS homolog 2 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000884 | OMA1 | OMA1 zinc metallopeptidase | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000886 | OSGEPL1 | O-sialoglycoprotein endopeptidase like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000888 | PDCD6IP | programmed cell death 6 interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000890 | PHKB | phosphorylase kinase regulatory subunit beta | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000892 | PMS1 | PMS1 homolog 1, mismatch repair system component | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000894 | PNN | pinin, desmosome associated protein | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000896 | PRIM1 | DNA primase subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000898 | RAD51C | RAD51 paralog C | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000900 | RHOT1 | ras homolog family member T1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000902 | RNASEL | ribonuclease L | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000906 | SLC35A1 | solute carrier family 35 member A1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000908 | SLC35B3 | solute carrier family 35 member B3 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000910 | TIA1 | TIA1 cytotoxic granule associated RNA binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000914 | UGDH | UDP-glucose 6-dehydrogenase | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000916 | UGP2 | UDP-glucose pyrophosphorylase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000922 | ZNF559 | zinc finger protein 559 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003330 | RPS6 | ribosomal protein S6 | 0 | 1 | ||||||||
MIRT003872 | WIPF1 | WAS/WASL interacting protein family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003873 | VPS45 | vacuolar protein sorting 45 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003874 | HSP90B1 | heat shock protein 90 beta family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003875 | SKAP2 | src kinase associated phosphoprotein 2 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003876 | NT5DC1 | 5'-nucleotidase domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003877 | FAM69A | family with sequence similarity 69 member A | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003878 | C2orf74 | chromosome 2 open reading frame 74 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT003879 | FAM122C | family with sequence similarity 122C | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003880 | PWWP2A | PWWP domain containing 2A | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003881 | C17orf80 | chromosome 17 open reading frame 80 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003882 | CCDC111 | primase and DNA directed polymerase | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003883 | C2orf43 | lipid droplet associated hydrolase | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003884 | C4orf27 | histone PARylation factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003885 | NIPAL2 | NIPA like domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003886 | TRMT13 | tRNA methyltransferase 13 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003887 | ANAPC16 | anaphase promoting complex subunit 16 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT004829 | NFKB1 | nuclear factor kappa B subunit 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT006658 | Ccnd1 | cyclin D1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT032077 | DLK1 | delta like non-canonical Notch ligand 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT051311 | PLA2G2D | phospholipase A2 group IID | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051312 | ACVR1B | activin A receptor type 1B | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051313 | IKBKG | inhibitor of nuclear factor kappa B kinase subunit gamma | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051314 | GCLM | glutamate-cysteine ligase modifier subunit | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051315 | PCF11 | PCF11 cleavage and polyadenylation factor subunit | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051316 | HIST1H2BK | histone cluster 1 H2B family member k | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051317 | ODC1 | ornithine decarboxylase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051318 | CALD1 | caldesmon 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051319 | RPP30 | ribonuclease P/MRP subunit p30 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051320 | ASNSD1 | asparagine synthetase domain containing 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051321 | CCNYL1 | cyclin Y like 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051322 | RGPD5 | RANBP2-like and GRIP domain containing 5 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051323 | PREB | prolactin regulatory element binding | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051324 | PDHX | pyruvate dehydrogenase complex component X | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051325 | SNX6 | sorting nexin 6 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051326 | CNN3 | calponin 3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051327 | KIF1A | kinesin family member 1A | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051328 | NAB1 | NGFI-A binding protein 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051329 | CCT6B | chaperonin containing TCP1 subunit 6B | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051330 | CHD4 | chromodomain helicase DNA binding protein 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051331 | CLCC1 | chloride channel CLIC like 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051332 | GDI2 | GDP dissociation inhibitor 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051333 | BRWD1 | bromodomain and WD repeat domain containing 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051334 | MAPK6 | mitogen-activated protein kinase 6 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051335 | PSMC4 | proteasome 26S subunit, ATPase 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051336 | ATF2 | activating transcription factor 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051337 | ATP6AP1 | ATPase H+ transporting accessory protein 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051338 | FBXO3 | F-box protein 3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051339 | PRDX3 | peroxiredoxin 3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051340 | CABIN1 | calcineurin binding protein 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051341 | FASN | fatty acid synthase | ![]() |
![]() |
2 | 5 | ||||||
MIRT051342 | SEC63 | SEC63 homolog, protein translocation regulator | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051343 | PTAR1 | protein prenyltransferase alpha subunit repeat containing 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051344 | DSTYK | dual serine/threonine and tyrosine protein kinase | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051346 | TMEM214 | transmembrane protein 214 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051347 | TRIM28 | tripartite motif containing 28 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051348 | NOP2 | NOP2 nucleolar protein | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051349 | MYBL1 | MYB proto-oncogene like 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051350 | TTC1 | tetratricopeptide repeat domain 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT051351 | BTRC | beta-transducin repeat containing E3 ubiquitin protein ligase | ![]() |
1 | 2 | |||||||
MIRT053079 | KLF4 | Kruppel like factor 4 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT055421 | SHOC2 | SHOC2, leucine rich repeat scaffold protein | ![]() |
![]() |
2 | 11 | ||||||
MIRT055811 | PLEKHA1 | pleckstrin homology domain containing A1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT057514 | CEP55 | centrosomal protein 55 | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT057729 | ZDHHC16 | zinc finger DHHC-type containing 16 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT057906 | STXBP3 | syntaxin binding protein 3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT061005 | C1ORF21 | chromosome 1 open reading frame 21 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT061244 | AMOTL1 | angiomotin like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 12 | ||||||
MIRT061529 | BTG2 | BTG anti-proliferation factor 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT063394 | ETNK1 | ethanolamine kinase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT065711 | TARBP2 | TARBP2, RISC loading complex RNA binding subunit | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT066291 | MTFR1L | mitochondrial fission regulator 1 like | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT066312 | USP15 | ubiquitin specific peptidase 15 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT068655 | AKAP11 | A-kinase anchoring protein 11 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT071206 | FCF1 | FCF1, rRNA-processing protein | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT072822 | ARIH1 | ariadne RBR E3 ubiquitin protein ligase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 5 | ||||||
MIRT074530 | PAGR1 | PAXIP1 associated glutamate rich protein 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT075249 | SNTB2 | syntrophin beta 2 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT075273 | VPS4A | vacuolar protein sorting 4 homolog A | ![]() |
![]() |
2 | 8 | ||||||
MIRT075891 | C16ORF72 | chromosome 16 open reading frame 72 | ![]() |
![]() |
2 | 7 | ||||||
MIRT076791 | GOSR1 | golgi SNAP receptor complex member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT077781 | MINK1 | misshapen like kinase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT078282 | RPS6KB1 | ribosomal protein S6 kinase B1 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT079655 | NAPG | NSF attachment protein gamma | ![]() |
![]() |
2 | 12 | ||||||
MIRT080011 | GALNT1 | polypeptide N-acetylgalactosaminyltransferase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||
MIRT082985 | PNPLA6 | patatin like phospholipase domain containing 6 | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT083265 | ZCCHC3 | zinc finger CCHC-type containing 3 | ![]() |
![]() |
2 | 6 | ||||||
MIRT084462 | SOWAHC | sosondowah ankyrin repeat domain family member C | ![]() |
![]() |
2 | 4 | ||||||