-->
pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-15a |
Genomic Coordinates | chr13: 50049119 - 50049201 |
Synonyms | MIRN15A, hsa-mir-15a, miRNA15A, MIR15A |
Description | Homo sapiens miR-15a stem-loop |
Comment | Reference . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | |||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-15a-5p | ||||||||||||||||||
Sequence | 14| UAGCAGCACAUAAUGGUUUGUG |35 | ||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | ||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | ||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
Circulating MicroRNA Expression Profiling | Circulating MicroRNA Expression Profiling |
---|
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | PPM1A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | PP2C-ALPHA, PP2CA, PP2Calpha | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | protein phosphatase, Mg2+/Mn2+ dependent 1A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_021003 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Other Transcripts | NM_177951 , NM_177952 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PPM1A | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PPM1A (miRNA target sites are highlighted) |
>PPM1A|NM_021003|3'UTR 1 AACTGCTCATCTAGCCATGGAGTTTACCTTCACCTCCAAAGGAGAGTACAGCTCAACTTTGTTGAAACTTTTAACATCCA 81 TCCTCAACTTTAAGGAAGGGGATATGACATGGGTGAGAATGATTACATCAGAGAACTTCAGCAGTACAACAGCTAGCCCA 161 GAACTGATTTTTTTTTTTTTTTTTGTAAATTTGAGACTTATGTAAGCGTGATTTCAAACCATAATTCGTGTTGTAAATCA 241 GACTCCAGCAATTTTTGTTGTATGATTTTGTTTTTTTGTAAAGTGTAATTGTCCTTGTACAAAATGCTCATATTTAATTA 321 TGAACTGCTTTAAATCACTATCAAAGTTACAAGAAATGTTTGGCTTATTGTGTGATGCAACAGATATATAGCCCTTTCAA 401 GTCATGTTGTGTTTGGACTTGGGGTTGGAACAGGGAGAGCAGCAGCCATGTCAGCTACACGCTCAAATGTGCAGATGATT 481 ATGGAAAATAACCTCAAAATCTTACAAAGCTGAACATCCAAGGAGTTATTGAAAACTATCTTAAATGTTCTTGGTAGGGG 561 AGTTGGCATTGTTGATAAAGCCAGTCCCTTCATTTAACTGTCTTTCAGGATGTTCCTTCGTTGTTTCCATGAGTATTGCA 641 GGTAATAATACAGTGTATTCATAAGAATCTCAATCTTGGGGCTAAATGCCTTGTTTCTTTGCACCTCTTTTCAAGTCCTT 721 ACATTTAATTACTAATTGATAAGCAGCAGCTTCCTACATATAGTAGGAAACTGCCACATTTTTGCTATCATGATTGGCTG 801 GGCCTGCTGCTGTTCCTAGTAAGATATTCTGAATTCCATTTTATCAATAAAGCTTGATTTAACAAACAAGAAACTTAATC 881 ATGTATGTGTAATTCCTCTTTTACCCTGGCCTTTTAAAACACTGTGCCGTTGTAATGAGACGTTTCTCATAGGGAAAGAT 961 GTTAGTCTCTTTTAATTGGACAACACTGTCACTCAAGGCATAGATGAAACTTTCCTTCCATTAGAAAGACTAAAAGATTT 1041 AATTCTTGGTTGTACCTTAATCTATTTTTTAAATAGGTTTCTTTCAGGCTGCTTATTTTTCATTAAGATGTGTATCAGCT 1121 TGGATTTGCCTACTGTTTAATTAAAATATTTATTGTCAAAGTTTGACAATCTAACACTCTATGGTAGGGGTGTGTGTGTG 1201 TGTGTTTGTGAGTGTGTGTTTGCCTGTGATTTTTAATTGGCCCATGTCTTTAGAATCCAAGTGGTTAAGATGTATTTGTG 1281 ATTTGAAATATAGCATGTTGATAATATTTAGCTGTTGGCCTTTACAAATAACTTTCAAAGCTTAAGGAATTGTAGATATA 1361 AAAATAACCTAATTTAATTTAGGCTTAAATTCCTCTGATTAAGCATGTGAAAGTAAGTTTTAAAATCTGTCGCATTGAAA 1441 AGATTACTGTTCCGTGCCCTTCTGTATTTTTGTCTCTTTAGGTTGAATATTGTATTTATCACCATGTAATCATTCAGTAG 1521 GCAGATTCCCACTAGAAAACTGTTGAAATGTAAGACTAAAATACAACATTGAATACAAAATCAAAATTTTGTGTATAAAA 1601 ACCAGTATAGTCCATTTTGTTATATTTGTTTTTTCCCTAACTTGGAAATATACATATTTGTATATATAGCCTTAAAATTA 1681 ATGTAAAGTTAGGGGAGTAGTGGGGAAAGTAATGTGAAATGTCTCAGATTTAAGTAGTTAAATACCAGCAAAATCTTTTC 1761 ATTATCCCTCTTATTTTGTGAGGTGATTAAATGTAACTTAATTGTATTTAATTTATATCTTATTCCAGCATGAATGAGGA 1841 AAAACTGAAGTACTATTTATATTTAGAAATTCATATCAGTTGAAATTACAGAACCAATTCCATACTTACAATAAATACTT 1921 AATGTCTAAATCTGTGGTAGAGTGCGAAGTATGATAATGTTCTAAGTTATGGCTTTGCAAGCATCTAAATGTGCATTTAA 2001 TGAATACCAGTGCTTCTAGTATAGACTAATTACCAGACATACTGGTACTGAAAGCTAAATCCCTATTATAACAAACCAGT 2081 TCCTTAATATTTTAAGTAGACTGACAACTTTAGTTCCAGAAATTGCAAAACTTTGAACTGGACTGTGTAATCTTTTGAGA 2161 TGCAAAACTTAAGTCACAAGTAGAGTATGTGATGGAAAGCTGTATTTCAAACCATAACAGCATATTTAGAGCCTTTTTTT 2241 TTTGAGTCTTTAAACAAGAGAAAATTAAAATATTCCTGTCAAAATTATTAGTATTGAAATTAGGCTTGGACACGAGAGAG 2321 AACCGTATTTGAGTGATGTGAGAAGACTAAATCTTTTCCACATGAGTCAGCACTGCCATACTAATAATTTTTTTACTATA 2401 AAAATACAGGAAGGAAGTATACATTATAACAGCAGACTGTGTGTGTTCCTGATTCCTGGAGGTAATAGTGGGGGGAAACC 2481 AACCATACTTTTTAAAGGCACTTTTGCACCTCTATTGTGCACTTCATTCTTGTACCACTTAAATTCTTCACCCCCATCCC 2561 CTTTTTTTGTGCTAATTAGCATCTCAGGGCAATGCCTCAAAAATGTTTGATGTGTTCTGTTCTTTGGAGGGAAAAAGTTC 2641 TTATGTGATGATAATATAGTACTCAAAATATACTTTTATCATTTAAATGTCTTATTTGCTGCTATGAATAGGAAATAACA 2721 TTTTGTATAGCAGGCTCTGTTTTACCCTAACATTAAAAAATTTCACTGATCTTTCTTTCATTAACAGGGTAGAATCTCCT 2801 AATTTCCACTTTCTTGGGAATATACTTTTATAGACAATAGAAGCAGTTCTCAATATTAGCATATACTTTAAAAAATCAAA 2881 GTGATAACTTAATTCAGCTTTGGAAGTATCTCAAACATATTTTTACTTTATAGTGCATTAACTTGCTTCTAGAGTACTTA 2961 ATGCAACTGCTCTAGCCACTTAATTTTTTATACTAATCTCAACATTAAGAAATTTGGATTAAGTAATAAATTAGTTATGT 3041 AATTCAAGTAATCTGAATTACAGCAGTACTTTTAGTGATCATTCATAGGACTATATATTAACCCAGCTAATAACTCAGTT 3121 TTTTTACAAAATGTTTCGAGTATTATTGGTAAAACACTGTTCTAGGCTAAGCACATTGGGACTGTAAAGAAATGAGTAGA 3201 TCCTTGGCTTCAAGTTTACATCTGGACAATTTATAATCTAGTGTATGTTAGTATTATAACTGGATCACTCATCAAAAAAT 3281 ATATATATATATCTATTGCCCACCTGCTATCTACCAGGTACTTAGCTGATCAAGGCAGGCCCCTGCCCTAAAGACCTTGT 3361 TTATACTTCCTTTACTCACCTGAAAACTGTTCTCCAGTTTATTTTCTTCTCTCTAAAGTTAAAGAGTAATTCAGAAGAAA 3441 ATTTTGCTTAGCATAAGAATAAAATTGGACTGAAGAGGCTTAAGCCCATTCAGTATCCTTGATTGCATTTATCCAACGGC 3521 CTTTATTCTTCCTGCTGACAGCAGTAACTCAGAGGAATAGGTAGTAGATTTCTGAAAATTATCCAGCCATGGAAATGTAG 3601 GTGGGGTTTGAGTTTAAGGCATTTAAAAATGTAAATATCTCTAGCTAAATTTATCTTAAGTAGAACTCTGTGTTTTTGTA 3681 ACACACTGCCAGTGTTAATATCAAATTTTAGCCAAATTATTACTATGTGTTTTAATATTTTAAAATAATTTCACTGCCCA 3761 TCTTTACTGGACAAACTCATTTGGAGTTCAACTTGTGATTTCTGAAAGAACTGATGAAATTGGGTACTGCTTTTTTTCTC 3841 CATTTTTCGTTTTGTTTTAATTTTGAATTTCATGGTATATACTTTTAGTTCAAACTCAGCTGTTTGTACAGTATTGTATT 3921 AGGATTTGGTATTAGAAAAGATGTGTAAATATCTTAGTATATAATTGTTTCTCATTTGAGGTTTTTCTTCTAAGGGACCT 4001 TAAAGAGTTTTATATACTTTTGCTCACAGAAACTGCTGGTGAGATTACCATTTTTTGAGTATCTAGTCTTCTAGTTTTTC 4081 TTTTAGGCATTAGGAAGCCTTCTTTAGAGTTCAAAATTTTAGAAGCCTAATTTGCTCTTACTTCCTTCAATTATGTGCCA 4161 TGTGTTTTGGTTTGTATATGTTTTAAATTGTATATTTCCTTGGAATATGCTTGAAATATTTAAGAATACATTTTCAAAAT 4241 GTATAATACTGTATTGTTTTGTTGATCAGAATAATAAGTCTCAGTTAAATGTTTGTTATTACTGATAGTCAAAATGCTCA 4321 ATAGAAATGATGAGAGGCATTGGTTCCAATTCATTGTCAAATGAACGTTTTCTAATTTTGTTCACAGATTCTTTCCCTTT 4401 CGATTGTTCTGTATGTTAAGATAGTGGCTTCTGCTCTCACTGTTTTCCTATTTATATTACTAGCAGGTAGGAGTGCTAAT 4481 TAGAAAAACTTAGATGGTATTGAAATTACAGTTGACAACTTATATTTTTATGAGATGGAGAAAAAAGATTAAGTTGATAT 4561 AACAACAAAGTGGACTTTTTTTCTTCCTTATCCTGCACGAAATATTGCCCTTGTTTCCTCTACTTTCCTCTTGGTGTTTT 4641 CTCTTTTTTTCAAACAGAAACAGGCCAATTCCATTTTCTTGAGCAAGAAAGCTTAGTGTGTTACTTCATCAAGGCCAGCT 4721 AATACTGTGTTAAACCGGGCTGAAAATGAGAAAACTTGGGAGATGGAGGAATGGGGAAATGGCAGTGGGATAGGTAGGGA 4801 AGGATTACTCTTAATTGTTTTAAAAGCCATAGGAAAGTCTTCCTTGTACGTGGCTGTAAATTTATAAGAACTATTGTGTC 4881 ACATAAACCAACAAGAATGAACCTTTGCTGCTTCAGATAATTTGATTTTTCCAGCAAGGAAATTAATAAGTTACTGATTC 4961 TTCAGCATAGAAACAACTGAGAAGAATTAATGCAATGTTTCTTCACTAGAAAACCCAACCCTTCATTTCTTTTCATTGCT 5041 CCAAAACCCAGTTTTCAACTAATGGTTTTCTCATTAAACTAAATGTTTAGAAAAGTTGTTTAGAGTTTTTCTTTTTCTTT 5121 TACATAGTCCTCCTGATCCAGTATAAGACTATTTAGTAACGTGCATTTGTATGGTACTATCTAAAGTAAGTTAGATTGAT 5201 GTAAGAGATCGGGTAGCTGCGGAACAAAATTAGTTATATCCTAATTAGGTACAGTGAATGACACAAAATCATTTTAGCAA 5281 TGCTTCTTAACCTTTTGGGGTCACAGGCGTTTTGAGACTGATGAATCCTAGGGACTTATTTACCCAGGAAAATGCGTATA 5361 TAACATACATATCTCCCTAAAGTTTACAATATTGTAGTGGTTCATGGGCCCCCTGGTTAAGAGCCCATTCTAAAGTACAA 5441 TAGGGCATCATCCCTTTTCCTGCAAAGCCCAAAAGTATATTTCTAGGGCATGAAAATAACTTGAGTCTATTTTAAGGAAT 5521 TGTTTCACTCTAGAGGTAGATAGGGGACCTGGCTAGAATCTGACATTAAAATATACTTTTTAAAAAATATTATATTTGGG 5601 GTGGGGAAAGTGATTAAAAGGTGAAAAAAAAACATAGTATTCAGAAGTTTTGGAGGTTAATGTCTTTCTCTAAGATTTGC 5681 CACTTTAGAAATTCAACAGAAAAGAGGTAAAACAGAAATGGAATGTATCTGGAACATTTTTGGCCTCCATAGTGCAGATA 5761 TACTATATTAACAAGTAATACATTTATTTACCTGTCAGATCTCCAGGTTTTAAGATTTTGAGCTTTCTAGTATTAGGATT 5841 CATTAAATGTTCAATTCATTTCATATTCTAAGGAATTAGGTTATTTACTTACTAATTCAGGATGTTAAAATAACATCCAA 5921 GTCGGACAACCACCACCAATGCACACAGTTAATGAGATTTCTAAAATATAATAAGTACAATGTAACAAACGTATAGAATT 6001 TTGCATTTGTTGCCAAAATTAGATGTTTAATGACAGCTTATTTAATTCCCATTTGTGGGACTTCTGGAACATAGAAACCA 6081 TTATCTTACCTGGTTATCCCTTGACTAAATAGCATATCTGCAGGAAAATATCTTGTTTGTAGTGATATGCCCCAATAGTG 6161 ATTGATTTCACTCTTGAAATGAGTTATATCACTTAATTTGTATAAATGTTATGAGTGGAGAGACATGTACATGTTAAAAG 6241 CATGTTGCATTATATATTCATTTTTTAAACTCTATAAATGTTAAGAATAATATAATTGCAGAAATATTTTTCTTAAATAC 6321 AATGTGTAACAAAATTCTCCGTAGCAACTCACCCACTTTGCAGTTTATGTGATCCACACTTTTAAAGAAATTCCATAAAT 6401 GTATATTTTGTATTATGTATTATTTCCTGGTCCAAAGAAAATATGTGAATTCAGTTCTAACTTTAAGAATGTACTGTTTG 6481 TTTTCAAGTTCATTGAAAAATTGCATTCAGCCTGCGAATGGTTGCAGATTGTATGTTAGATGAAAAGTAGAAATAATTTC 6561 TAGTTTGGAAAACTGGTGCCACTAAATAAACAGGCAATTACATAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
miRNA:Target | ---- | ||||||
Validation Method |
|
||||||
Conditions | HEK293 | ||||||
Location of target site | 3'UTR | ||||||
Tools used in this research | TargetScan , miRTarCLIP , Piranha | ||||||
Original Description (Extracted from the article) |
...
PAR-CLIP data was present in GSM545216. RNA binding protein: AGO2. Condition:miR-124 transfection
... - Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al., 2010, Cell. |
||||||
miRNA-target interactions (Provided by authors) |
|
||||||
Article |
- Hafner M; Landthaler M; Burger L; Khorshid et al. - Cell, 2010
RNA transcripts are subject to posttranscriptional gene regulation involving hundreds of RNA-binding proteins (RBPs) and microRNA-containing ribonucleoprotein complexes (miRNPs) expressed in a cell-type dependent fashion. We developed a cell-based crosslinking approach to determine at high resolution and transcriptome-wide the binding sites of cellular RBPs and miRNPs. The crosslinked sites are revealed by thymidine to cytidine transitions in the cDNAs prepared from immunopurified RNPs of 4-thiouridine-treated cells. We determined the binding sites and regulatory consequences for several intensely studied RBPs and miRNPs, including PUM2, QKI, IGF2BP1-3, AGO/EIF2C1-4 and TNRC6A-C. Our study revealed that these factors bind thousands of sites containing defined sequence motifs and have distinct preferences for exonic versus intronic or coding versus untranslated transcript regions. The precise mapping of binding sites across the transcriptome will be critical to the interpretation of the rapidly emerging data on genetic variation between individuals and how these variations contribute to complex genetic diseases.
LinkOut: [PMID: 20371350]
|
CLIP-seq Support 1 for dataset GSM545216 | |
Method / RBP | PAR-CLIP / AGO2 |
---|---|
Cell line / Condition | HEK293 / miR-124 transfection |
Location of target site | ENST00000395076.4 | 3UTR | UCUUAUUUGCUGCUAU |
Tools used in this analysis | TargetScan, miRTarCLIP, and Piranha |
Article / Accession Series | PMID: 20371350 / GSE21578 |
CLIP-seq Viewer | Link |
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
ID![]() |
Target | Description | Validation methods |
![]() |
![]() |
|||||||
Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
|||||
MIRT000280 | BMI1 | BMI1 proto-oncogene, polycomb ring finger | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
5 | 3 | |||
MIRT000282 | WNT3A | Wnt family member 3A | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 2 | |||||
MIRT000283 | MYB | MYB proto-oncogene, transcription factor | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
5 | 3 | |||
MIRT000284 | CDC25A | cell division cycle 25A | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 4 | ||||
MIRT000285 | CCND2 | cyclin D2 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 7 | ||||
MIRT000804 | RAB9B | RAB9B, member RAS oncogene family | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT000806 | ACTR1A | ARP1 actin related protein 1 homolog A | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT000808 | TPI1 | triosephosphate isomerase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT000810 | PDCD4 | programmed cell death 4 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 2 | |||||
MIRT000812 | RAB21 | RAB21, member RAS oncogene family | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000815 | BCL2 | BCL2, apoptosis regulator | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
6 | 13 | ||
MIRT000817 | WT1 | Wilms tumor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000819 | ASXL2 | additional sex combs like 2, transcriptional regulator | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000823 | TMEM251 | transmembrane protein 251 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000825 | CARD8 | caspase recruitment domain family member 8 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000827 | CDC14B | cell division cycle 14B | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000829 | CENPJ | centromere protein J | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000831 | CEP63 | centrosomal protein 63 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000833 | CREBL2 | cAMP responsive element binding protein like 2 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 5 | ||||
MIRT000835 | ECHDC1 | ethylmalonyl-CoA decarboxylase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000847 | GOLGA5 | golgin A5 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000849 | GOLPH3L | golgi phosphoprotein 3 like | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000851 | GTF2H1 | general transcription factor IIH subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000853 | H3F3B | H3 histone family member 3B | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000855 | HACE1 | HECT domain and ankyrin repeat containing E3 ubiquitin protein ligase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000857 | HDHD2 | haloacid dehalogenase like hydrolase domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000859 | HERC6 | HECT and RLD domain containing E3 ubiquitin protein ligase family member 6 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000863 | HRSP12 | reactive intermediate imine deaminase A homolog | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000865 | HSDL2 | hydroxysteroid dehydrogenase like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000866 | HSPA1A | heat shock protein family A (Hsp70) member 1A | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000868 | JUN | Jun proto-oncogene, AP-1 transcription factor subunit | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000878 | MCL1 | MCL1, BCL2 family apoptosis regulator | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000880 | MSH2 | mutS homolog 2 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000884 | OMA1 | OMA1 zinc metallopeptidase | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000886 | OSGEPL1 | O-sialoglycoprotein endopeptidase like 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000888 | PDCD6IP | programmed cell death 6 interacting protein | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000890 | PHKB | phosphorylase kinase regulatory subunit beta | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000892 | PMS1 | PMS1 homolog 1, mismatch repair system component | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000894 | PNN | pinin, desmosome associated protein | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000896 | PRIM1 | DNA primase subunit 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000898 | RAD51C | RAD51 paralog C | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000900 | RHOT1 | ras homolog family member T1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000902 | RNASEL | ribonuclease L | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000906 | SLC35A1 | solute carrier family 35 member A1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000908 | SLC35B3 | solute carrier family 35 member B3 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000910 | TIA1 | TIA1 cytotoxic granule associated RNA binding protein | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000914 | UGDH | UDP-glucose 6-dehydrogenase | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000916 | UGP2 | UDP-glucose pyrophosphorylase 2 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT000922 | ZNF559 | zinc finger protein 559 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT001227 | CCND1 | cyclin D1 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
6 | 8 | ||
MIRT001228 | CCNE1 | cyclin E1 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
7 | 10 | |
MIRT001802 | BACE1 | beta-secretase 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT002946 | DMTF1 | cyclin D binding myb like transcription factor 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 4 | ||||
MIRT003330 | RPS6 | ribosomal protein S6 | 0 | 1 | ||||||||
MIRT003333 | BRCA1 | BRCA1, DNA repair associated | ![]() |
![]() |
2 | 2 | ||||||
MIRT003334 | AKT3 | AKT serine/threonine kinase 3 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 6 | |||||
MIRT003872 | WIPF1 | WAS/WASL interacting protein family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003873 | VPS45 | vacuolar protein sorting 45 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003874 | HSP90B1 | heat shock protein 90 beta family member 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003875 | SKAP2 | src kinase associated phosphoprotein 2 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003876 | NT5DC1 | 5'-nucleotidase domain containing 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003877 | FAM69A | family with sequence similarity 69 member A | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003878 | C2orf74 | chromosome 2 open reading frame 74 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT003879 | FAM122C | family with sequence similarity 122C | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003880 | PWWP2A | PWWP domain containing 2A | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003881 | C17orf80 | chromosome 17 open reading frame 80 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003882 | CCDC111 | primase and DNA directed polymerase | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003883 | C2orf43 | lipid droplet associated hydrolase | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003884 | C4orf27 | histone PARylation factor 1 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003885 | NIPAL2 | NIPA like domain containing 2 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003886 | TRMT13 | tRNA methyltransferase 13 homolog | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003887 | ANAPC16 | anaphase promoting complex subunit 16 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003888 | CADM1 | cell adhesion molecule 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT003891 | TMEM184B | transmembrane protein 184B | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003899 | APP | amyloid beta precursor protein | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 3 | ||||
MIRT004046 | UCP2 | uncoupling protein 2 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT004275 | VEGFA | vascular endothelial growth factor A | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
7 | 17 | |
MIRT004680 | TSPYL2 | TSPY like 2 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT004829 | NFKB1 | nuclear factor kappa B subunit 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 1 | |||||
MIRT005552 | CHUK | conserved helix-loop-helix ubiquitous kinase | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 1 | ||||
MIRT005763 | TP53 | tumor protein p53 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT006027 | FGF7 | fibroblast growth factor 7 | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT006176 | CLCN3 | chloride voltage-gated channel 3 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 1 | ||||
MIRT006177 | CRKL | CRK like proto-oncogene, adaptor protein | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
< |