-->
pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-122 |
Genomic Coordinates | chr18: 58451074 - 58451158 |
Synonyms | MIR122A, MIRN122, MIRN122A, hsa-mir-122, miRNA122, miRNA122A, MIR122 |
Description | Homo sapiens miR-122 stem-loop |
Comment | The mature sequence shown here represents the most commonly cloned form from large-scale cloning studies . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-122-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 15| UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG |36 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | |||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
Circulating MicroRNA Expression Profiling | Circulating MicroRNA Expression Profiling |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | HECW2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | NDHSAL, NEDL2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | HECT, C2 and WW domain containing E3 ubiquitin protein ligase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_020760 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on HECW2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of HECW2 (miRNA target sites are highlighted) |
>HECW2|NM_020760|3'UTR 1 CCTGGAAGCTGAATGCCCATCTCTGTGGACAGGCAGGTTCAGAAGCTGCCTTCTAGAAGAATGATTGAACATTGGAAGTT 81 TCAAGAGGATGCTTCCTTTAGGATAAAGCTATGTGCTGTTGTTTTCCAGGAACAAGTGCTCTGTCACATTTGGGGACTGG 161 AGATGAGTCCTCTTGGAAGGATTTGGGTGAGCTTGATGCCCAGGGAACAACCCAACCGTCTTTCAATCAACAGTTCTTGA 241 CTGCCAAACTTTTTCCATTTGTTATGTTCCAAGACAAAGATGAACCCATACATGATCAGCTCCACGGTAATTTTTAGGGA 321 CTCAGGAGAATCTTGAAACTTACCCTTGAACGTGGTTCAAGCCAAACTGGCAGCATTTGGCCCAATCTCCAAATTAGAGC 401 AAGTTAAATAATATAATAAAAGTAAATATATTTCCTGAAAGTACATTCATTTAAGCCCTAAGTTATAACAGAATATTCAT 481 TTCTTGCTTATGAGTGCCTGCATGGTGTGCACCATAGGTTTCCGCTTTCATGGGACATGAGTGAAAATGAAACCAAGTCA 561 ATATGAGGTACCTTTACAGATTTGCAATAAGATGGTCTGTGACAATGTATATGCAAGTGGTATGTGTGTAATTATGGCTA 641 AAGACAAACCATTATTCAGTGAATTACTAATGACAGATTTTATGCTTTATAATGCATGAAAACAATTTTAAAATAACTAG 721 CAATTAATCACAGCATATCAGGAAAAAGTACACAGTGAGTTCTGTTTATTTTTTGTAGGTTCATTATGTTTATGTTCTTT 801 AAGATGTATATAAGAACCTACCTATCATGCTGTATGTATCACTCATTCCATTTTCATGTTCCATGCATACTCGGGCATCA 881 TGCTAATATGTATCCTTTTAAGCACTCTCAAGGAAACAAAAGGGCCTTTTATTTTTATAAAGGTAAAAAAAATTCCCCAA 961 ATATTTTGCACTGAATGTACCAAAGGTGAAGGGACATTACAATATGACTAACAGCAACTCCATCACTTGAGAAGTATAAT 1041 AGAAAATAGCTTCTAAATCAAACTTCCTTCACAGTGCCGTGTCTACCACTACAAGGACTGTGCATCTAAGTAATAATTTT 1121 TTAAGATTCACTATATGTGATAGTATGATATGCATTTATTTAAAATGCATTAGACTCTCTTCCATCCATCAAATACTTTA 1201 CAGGATGGCATTTAATACAGATATTTCGTATTTCCCCCACTGCTTTTTATTTGTACAGCATCATTAAACACTAAGCTCAG 1281 TTAAGGAGCCATCAGCAACACTGAAGAGATCAGTAGTAAGAATTCCATTTTCCCTCATCAGTGAAGACACCACAAATTGA 1361 AACTCAGAACTATATTTCTAAGCCTGCATTTTCACTGATGCATAATTTTCTTATTAATATTAAGAGACAGTTTTTCTATG 1441 GCATCTCCAAAACTGCATGACATCACTAGTCTTACTTCTGCTTAATTTTATGAGAAGGTATTCTTCATTTTAATTGCTTT 1521 TGGGATTACTCCACATCTTTGTTTATTTCTTGACTAATCAGATTTTCAATAGAGTGAAGTTAAATTGGGGGTCATAAAAG 1601 CATTGGATTGACATATGGTTTGCCAGCCTATGGGTTTACAGGCATTGCCCAAACATTTCTTTGAGATCTATATTTATAAG 1681 CAGCCATGGAATTCCTATTATGGGATGTTGGCAATCTTACATTTTATAGAGGTCATATGCATAGTTTTCATAGGTGTTTT 1761 GTAAGAACTGATTGCTCTCCTGTGAGTTAAGCTATGTTTACTACTGGGACCCTCAAGAGGAATACCACTTATGTTACACT 1841 CCTGCACTAAAGGCACGTACTGCAGTGTGAAGAAATGTTCTGAAAAAGGGTTATAGAAATCTGGAAATAAGAAAGGAAGA 1921 GCTCTCTGTATTCTATAATTGGAAGAGAAAAAAAGAAAAACTTTTAACTGGAAATGTTAGTTTGTACTTATTGATCATGA 2001 ATACAAGTATATATTTAATTTTGCAAACTTTTCACTTGTTTGTATTCTTTTCATTATAAGGAAAAGTAGTATAACACACT 2081 TTTTTTTAAGTCACATATTTGATGGTATACAAGATGTTTCAGGGCTGGCATTCTCCAAGCAGCAGATAAAGGTTGCATTT 2161 CTTTCAAAAATACATTCAAAGACCATGTTATCCTTCATTTTGGTTTGAGACATTTAGTTATGGTATTTCATATTATTAGG 2241 TAAAAGATATTTGAAATAAAATGTATCTCTTTAATTATTTCTAACAAATATATTTCTTTATTAAGGCATCCAACTTTTTC 2321 CCAAATAACAGTACACTTTAATGTATGTAGACATTCTTAATTAGTATAATCATCTAGTTGATACTGTTCTCAGATTGGGA 2401 ATTATCAAAGATGTACTTATCATATCAGAACACCATGCTAACTTATCTATTATTCTTTCTTAGTAAAACAAAACAGCCAG 2481 TAATAACTATATAAAATATTAAATAACATTTCCACAGAATAAATTAGACTTTCATGTACTCTACAATTAGAAATATCCAT 2561 AAATATTTTCTTCTGGACTGTGAACCCAGATAACTAGGCTTTCTGGTCTTATTTTAAGTGATGCTCTTTATACTATAGAA 2641 GACACTCTTAATACATCATATATGTATGCAGAACATCTCTTAGATGAGAGAACAAGCACATCATTGGCATTCCCTCTGTG 2721 CCAGTTTGATGTTTGTTTGACGATGGAGCTACAAGAGTCTAAATCTGCCTTTGAAAAGCTCAGCTCACAGTGTAGTAGAG 2801 TAGACTCCAAGGTTCAAAAAAGTGTTTTTAATAAAATTTGGTAAGTTCTACAATCAAGGAATGAAGAGAGAAGAGAACAG 2881 CTTTTTCCATCTGGGAGATTCAATAATGGCTTCATATATAGATGATAGTGTGGCTAAAAAAAATTACATCAATGCTGTTT 2961 CTATTGGGAAGCAATGGCAAGTAATAGTATGTCAATACTGGTCAAGTGTTGAAGCCAGGATGCACTTACACAACGAGAGT 3041 GTAAAGTGTGTAGGGAGCTGATCTGTGAAGGAGCAACTCAAAGATTTTGAAATTATCAGTGAAATGCCAAAACAGGGAAA 3121 GTTTCCCTGTTTCCCTTCATCTATTCTACAATGCACCATTGGTTTTCAGTGTGAAAAATCCCAATCCCTGAGCCCAAACC 3201 ACTTCTGGGGTCAAAACATTTTTCTTGTGCACAAAATGAATGGATCTTGGTCAAAGAAGTATGGTCACAATTTTCTAGCA 3281 TATATTGCGTTTATAATTTAGCAGAAATTCTGCAATAAATAAAGGAAAATCTGTTTTACCTGTGCAACAATCAGAAATGG 3361 TAAAAATGCATTCAAGTGTTTGAAAGAAATGGTAGAATATGCTTGCATAGTGCTTTATAGTTTCAAAGTGCTGTCAGGTA 3441 CATCGTCCGTTTAGCTCCTCACGCACTTTGTAGGGTACAAGCATCATGTTCCATCTGGGTTGTGGCTGATTTTCATGGAT 3521 GGCTTGTGGCATCAGTTTCATTACTTCATAGTCACAATTCTGTGTTTCATCTTGAGAAATGTGGAGACTAATGTTTGTAC 3601 CAGTATATTCCACATTCAGTGAGGTTTCCAAGATGCTTCCTCCAAACTCTCACTTTCTTAAACAGATACATTTAAAATAT 3681 GACACCTTCTGAAAAGTCCATAAAGAAATTAGTATATTCATGGAAAAAATTTCCCCGTAGACTTATTTGCATTTCATGAC 3761 TTGACATGAGAAATTTAAAAAACAGAAGGCAAAATGTGATTGCTTTTGATGGATTTATACAGAATAGTCATTTAATTTTC 3841 TCAAGTATTATTTGGAAACAAGATAATGGAAAACATTAATCAGAAGCCTTATTTTATTTTTAAATTTTTAATAGGGATGG 3921 ATCTAGTAAGCCCTAATAGCTGAGTTCCAGTGATAAAATTCACAAATTTTATTTATGATTGGACCACTTCTAACAAGGCA 4001 AATATCTTATAATGAAGATAGGAGTCTGTTCAATTTAACCTTATTCAGGAAACTCCGTATTTATGTGAAATGATGCAATG 4081 CCATTATTAAGAGGTATCTGTAACCCTGCATAATAAAAACATGCATAAGAAGAATGTGGTCTAATCTCCAAACTGAGTCT 4161 CAGTTTCAGGGCCTTTTGCTTTCTTTGTTTGTTTGTTTGAGACAGTCTGGCTCTGTCATCCAGGCTGGAGTGCAGTGGCA 4241 CATGAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCCAGGCTCAAGCGATCCTCCCACCTCAGCCTCCTGAGTAACTGGGACTACAGGC 4321 GCATACCACCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTGTAGAGACAAGGCCCAGGCACGTCTCAAACTCTTGAGCTCAAGCG 4401 ATCCGCCCGCCTTGGCCTCCCAAAGTGCTAGGAGTAATTATAGGTGTGAGCCACCATGCTGGCAGTTGTTTTTGTTTATT 4481 TGTGATAAGGTCTGGCTGTCACCCATGCTGGAGTGCAGTGGCATGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGCCTTCCAGGCTC 4561 AAGCCAGCCTCCCACCTCAGCCTCCGAGTAGCTAGGACTACAGGCATGCACCACCATGCCCAGCTAATTTTTTTATATTT 4641 TTTGTAGACACAGGGTTTTGCCACGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGAGCTCAAGCAGTCCTCCCACCTTGGCCTC 4721 CCGAAGTGCTGGGATTACAGACGTGAGCCTCTGGGCCTTGCTCTGTTTTGTCTGCTTTCTGATTTAGTAGGTGAGGGACA 4801 GCACTCTGGACCTTAGCCATTTTACTTCCATCTTACTGCCGTGAGTTTGATGAGAATGTCACTTTTAGACTCTAATTTTC 4881 AAAAACTTAGTTTCTTTCCCATTCATTTGTGTTTTCCAAATTAATTTGTTTGTCTAGTATGGATGCAAAGGAATGCTGAA 4961 GACATTAAAGCTTTCTGAATTGTGGCTTAAGGCCAGCTACTGCCCACTGAAAGGATGATAAAAATAAAAAAGGAGGAAAG 5041 AGGAGCCCAGCAGTTGTGCCACCCCGCAAGAATATAATGCTAATTATTGACCAACTGTCAAGATTCAGAGTGGTAACTGC 5121 ATTCCGAGGAGCTGTCAGGAAGGATGACCGTGTGTGTGCTGTCCATATCATAGCCATCTGGGTCAGAAGGAGCGAAAGGA 5201 TGGTTAGGACAGGAGTGTAGTGGAGGGAAAGTTAAAACAACGGTAGATGGATCATCTTAGGGCTTGCTGGTGGGGGTAGG 5281 AACATACTTCAATTTGGTTTCAGACTGAGAAGAAGAAAGCTATGCTCCCTGATGAAGGCACAGTTTGATCTACTAGATGG 5361 GAAATACCCTCATTTTATAACTTCAGTAATTTAACATTTTCTGTATTGCAAAGTGGAATTTAGTCCCAAAGTATTAAAGC 5441 TAACCATAGCTTGATCAGGAGATTTGACAATTTAGCATAAAATTATGTTGTGGATTTTTTTATTTAAGAATTATTGTTAC 5521 TATTATTGAACACCATGTATGAAATGAAAGAAAGGGTGCTTTTATTTCATTATACTTATTTGGTTTTTTTAGCGGACATC 5601 CCTTGACATTAGAATAGCATTTGAGACATTTTCATGATTTCTAAAGATAACTTAAATGCTCTCTGTTAATCTGGAAAGTG 5681 AAATCCTAAGAGTGAGGTTGCAAATGGAGACTAAATTAGTGTTTCCAAGTCAGGAAGTTAATCAAGACCGGAAATAGATT 5761 TGCTTAGATTTTATCTGCAGAGTCGTTTATTTGGCTTTCGTAATTGAACAGCTCAGCAGAATAAGATGGCCCTAGTTGTA 5841 TGGTTTCTGGGGAACACAGGAGAATTAAATTTATATATGTGATTTTTATGTGTAGTGCCCTTGGGCAGGTGATATCTTTC 5921 TATATGACTTTTAAGATATTACAACCTGAGGAGTGTGGATAGCCGTGTTGTGTGATTCAAACTGAATCAGCTATTACTGA 6001 TGCAGGTAAGGAACCATCAGTCAACTTCTGGTTACTATCACCTTCATAAAAAAGAATGGATGATGTTCAGGAATTACCTT 6081 GGAAGGATTAACCAGGAATTAACACAGAATGGGATGTTCTTTTAGGACCCTAATGCTCTAAAAGATAAAATTACAACCTA 6161 TTTTTCTTTATATGATAGCATAAGTAAAATTTGGGGCTGTTAATATGTTGGAAAGTGCTTAAAATTACATGTTTTTATAA 6241 TAGGGATGCAGGCATTCCAAAATAAATGAATAAAAATACATGCATCTCTCTCGCCTCTTACTGAAAGTATTAATCTAATT 6321 TTATAGTAATGATTACTTTTTAATATTAAGGCTCTGTAAAAAAATTATTTCTAAGATTTCAGTAGAACACAGGTGGTGTA 6401 TTTTTTTAAGCTTTTAATTTCTCTTCACCAACCTCAGTCATTACGTTCACCACACAGTGTGTCACAGTTAATAGTGGTAT 6481 TTCAGTTTTTGCGTTGATTTAAGCTTCATATTTATTTAATGTGACTTTTGATGGAGAATAATAATGGGAGATGCTTGCTG 6561 TTAGCATTAAGGTTATACAGCTCTCACTTCACCTTATATGTAATTTTTTTTTCAAAGTAAATAATGCAGATTGTTGACAT 6641 CCTAGAAATGGTTTCTGGGTGGTATTATATGGGGCCTAGGACTCTGAACTGGGACTAGTTGTTTATTTTCTGGGAAGTCT 6721 GTATTCTTATTCTCAACTGAACCCCTGACTCTTTTGTTGTATTTTTTATGATTCCGAAATGCTTTGAGGGAAAGATATTT 6801 TAATGTGTACAATTTGTTTTATTTTCATACTGATCTCTATTTTTGTTTAAAACCATGTTGCATCATGAAATCACTTAATC 6881 CAAAATAAATCTTCTTTAAAAAAAATAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Article |
- Grimson A; Farh KK; Johnston WK; et al. - Molecular cell, 2007
Mammalian microRNAs (miRNAs) pair to 3'UTRs of mRNAs to direct their posttranscriptional repression. Important for target recognition are approximately 7 nt sites that match the seed region of the miRNA. However, these seed matches are not always sufficient for repression, indicating that other characteristics help specify targeting. By combining computational and experimental approaches, we uncovered five general features of site context that boost site efficacy: AU-rich nucleotide composition near the site, proximity to sites for coexpressed miRNAs (which leads to cooperative action), proximity to residues pairing to miRNA nucleotides 13-16, positioning within the 3'UTR at least 15 nt from the stop codon, and positioning away from the center of long UTRs. A model combining these context determinants quantitatively predicts site performance both for exogenously added miRNAs and for endogenous miRNA-message interactions. Because it predicts site efficacy without recourse to evolutionary conservation, the model also identifies effective nonconserved sites and siRNA off-targets.
LinkOut: [PMID: 17612493]
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MiRNA-Target Expression Profile | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ID | Target | Description | Validation methods |
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Strong evidence | Less strong evidence | |||||||||||
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![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
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MIRT003079 | GTF2B | general transcription factor IIB | ![]() |
![]() |
2 | 1 | ||||||
MIRT003080 | GYS1 | glycogen synthase 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
![]() |
4 | 2 | ||||
MIRT023217 | SSR3 | signal sequence receptor subunit 3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023218 | PHOX2A | paired like homeobox 2a | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023219 | DZIP1L | DAZ interacting zinc finger protein 1 like | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023220 | GSTM2 | glutathione S-transferase mu 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023221 | RAI14 | retinoic acid induced 14 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023222 | STARD13 | StAR related lipid transfer domain containing 13 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023223 | CNN3 | calponin 3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023224 | A2M | alpha-2-macroglobulin | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023225 | EFCAB6 | EF-hand calcium binding domain 6 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023226 | GLOD4 | glyoxalase domain containing 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023227 | CALR | calreticulin | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023228 | POFUT1 | protein O-fucosyltransferase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023229 | PYGO1 | pygopus family PHD finger 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023230 | CDY2B | chromodomain Y-linked 2B | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023231 | CDC42EP3 | CDC42 effector protein 3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023232 | CS | citrate synthase | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 3 | |||||
MIRT023233 | RNF170 | ring finger protein 170 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 3 | |||||
MIRT023234 | GTF3C6 | general transcription factor IIIC subunit 6 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023235 | ZNF321P | zinc finger protein 321, pseudogene | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023236 | LAMP1 | lysosomal associated membrane protein 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023237 | SLC52A2 | solute carrier family 52 member 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023238 | ZNF658 | zinc finger protein 658 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023239 | ATP13A3 | ATPase 13A3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023240 | CPNE5 | copine 5 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023241 | KATNAL1 | katanin catalytic subunit A1 like 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023242 | TMEM136 | transmembrane protein 136 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023243 | ATP11A | ATPase phospholipid transporting 11A | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023244 | TMEM74 | transmembrane protein 74 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023245 | ANKRD10 | ankyrin repeat domain 10 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023246 | TBL1XR1 | transducin beta like 1 X-linked receptor 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023247 | USP10 | ubiquitin specific peptidase 10 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023248 | AKAP11 | A-kinase anchoring protein 11 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023249 | BACH2 | BTB domain and CNC homolog 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023250 | HCCS | holocytochrome c synthase | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023251 | Slc7a1 | solute carrier family 7 (cationic amino acid transporter, y+ system), member 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023252 | GTDC2 | protein O-linked mannose N-acetylglucosaminyltransferase 2 (beta 1,4-) | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023253 | CTPS1 | CTP synthase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023254 | SLC44A1 | solute carrier family 44 member 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023255 | CLSPN | claspin | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023256 | RABGEF1 | RAB guanine nucleotide exchange factor 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023257 | FBXO7 | F-box protein 7 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023258 | NCDN | neurochondrin | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023259 | SOX2 | SRY-box 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023260 | ZNF618 | zinc finger protein 618 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023261 | ABLIM1 | actin binding LIM protein 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023262 | ZBTB4 | zinc finger and BTB domain containing 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023263 | LUZP1 | leucine zipper protein 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023264 | NLGN3 | neuroligin 3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023265 | PRR11 | proline rich 11 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023266 | HHAT | hedgehog acyltransferase | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023267 | UBE2L3 | ubiquitin conjugating enzyme E2 L3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023268 | DNAJC18 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member C18 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023269 | FAM102A | family with sequence similarity 102 member A | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023270 | PFKFB2 | 6-phosphofructo-2-kinase/fructose-2,6-biphosphatase 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023271 | DENND2C | DENN domain containing 2C | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023272 | HMOX1 | heme oxygenase 1 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 2 | |||||
MIRT023273 | USP28 | ubiquitin specific peptidase 28 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023274 | KRT18 | keratin 18 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023275 | BPGM | bisphosphoglycerate mutase | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023276 | ZNF233 | zinc finger protein 233 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023277 | SLC25A30 | solute carrier family 25 member 30 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023278 | ANKRD9 | ankyrin repeat domain 9 | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 3 | |||||
MIRT023279 | RLN1 | relaxin 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023280 | DDIT3 | DNA damage inducible transcript 3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023281 | TRIM65 | tripartite motif containing 65 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023282 | B4GALT1 | beta-1,4-galactosyltransferase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023283 | ANXA7 | annexin A7 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023284 | SLC19A2 | solute carrier family 19 member 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023285 | MARCKS | myristoylated alanine rich protein kinase C substrate | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023286 | CLEC11A | C-type lectin domain containing 11A | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023287 | CENPF | centromere protein F | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023288 | CLDN18 | claudin 18 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023289 | PFDN1 | prefoldin subunit 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023290 | SPAG9 | sperm associated antigen 9 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023291 | CEACAM8 | carcinoembryonic antigen related cell adhesion molecule 8 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023292 | KRT10 | keratin 10 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023293 | SET | SET nuclear proto-oncogene | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023294 | SLC11A2 | solute carrier family 11 member 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023295 | MYCBP | MYC binding protein | ![]() |
![]() |
![]() |
3 | 3 | |||||
MIRT023296 | GPHB5 | glycoprotein hormone beta 5 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023297 | STAU2 | staufen double-stranded RNA binding protein 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023298 | NFATC1 | nuclear factor of activated T-cells 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023299 | ERP29 | endoplasmic reticulum protein 29 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023300 | MEP1A | meprin A subunit alpha | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023301 | SPTLC1 | serine palmitoyltransferase long chain base subunit 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023302 | GTF2H2 | general transcription factor IIH subunit 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023303 | C14orf39 | chromosome 14 open reading frame 39 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023304 | UBE2K | ubiquitin conjugating enzyme E2 K | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023305 | PPP1R9B | protein phosphatase 1 regulatory subunit 9B | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023306 | PSMD10 | proteasome 26S subunit, non-ATPase 10 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023307 | CALD1 | caldesmon 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023308 | TTYH3 | tweety family member 3 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023309 | NMNAT2 | nicotinamide nucleotide adenylyltransferase 2 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023310 | SCN4B | sodium voltage-gated channel beta subunit 4 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023311 | C1orf122 | chromosome 1 open reading frame 122 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023312 | PAK1 | p21 (RAC1) activated kinase 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023313 | DNAJB1 | DnaJ heat shock protein family (Hsp40) member B1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023314 | DMXL1 | Dmx like 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023315 | ZNF160 | zinc finger protein 160 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023316 | CSRP1 | cysteine and glycine rich protein 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023317 | PHKA1 | phosphorylase kinase regulatory subunit alpha 1 | ![]() |
1 | 1 | |||||||
MIRT023318 | RBBP5 | RB binding protein 5, histone lysine methyltransferase complex subunit |