pre-miRNA Information | |
---|---|
pre-miRNA | hsa-mir-122 |
Genomic Coordinates | chr18: 58451074 - 58451158 |
Synonyms | MIR122A, MIRN122, MIRN122A, hsa-mir-122, miRNA122, miRNA122A, MIR122 |
Description | Homo sapiens miR-122 stem-loop |
Comment | The mature sequence shown here represents the most commonly cloned form from large-scale cloning studies . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Mature miRNA | hsa-miR-122-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 15| UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG |36 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | |||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
|
|||||||||||||||||||||
SNPs in miRNA |
|
|||||||||||||||||||||
Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
---|---|
Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
Circulating MicroRNA Expression Profiling | Circulating MicroRNA Expression Profiling |
---|
Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Gene Symbol | TRAM2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | translocation associated membrane protein 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_012288 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TRAM2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TRAM2 (miRNA target sites are highlighted) |
>TRAM2|NM_012288|3'UTR 1 GGCCAAAGTGCTAAGAACAGGAATCCTCTTGGTGGGGGCCGAGCAGGGGGCAAGGAGCCCAGGCCCCCTCCCTGCCTCCT 81 CCTTCCTGCCTGTGATGCTCCGTCTCAAACAGCCGAAACCTGTCTTGCAATGGGGGGAGGGGGCGTTTCGCTTTCCTTCT 161 TCTTGGCTTCCTCTTATTCTTCCACAAACCATTCTCAATAAAGCCAAAAATCTTTCTCTTTCTCCCCCTCAGGCCACCTC 241 CTGTCCTCACTCCTGTCCTGTGCTGGCTTTTCTGGAACGCCAGGCGCCCATGGCTGGCACCTTTCTGCTTGCTCTGTCTC 321 TTGCCTTATGGCTGCTGCTTTTCCTTTTTACTTCCTATTTTCACCTTATCTTGCAATTTTTCTGTCTGATTTTTACAATG 401 GGAGGGGAGCTAAGATTGCAGTCCTGTCCTTCGGTCCCCCAGGGCCTGCCGGTCAGAAGCCTGGGGCTGGTAGGCCCTTG 481 GTGGTCCTCATGTGGATGGGCAAGAAGAGAGCGGCCATCTCGGATCATAATCTCCTTGGTGCTGATTAACTGACGAGATA 561 TATGATTCCAGTTCTGCATGTACCATCTTGAGGCACAGCAGCCACTGCTCGTTGTAAATGCCAAGGCATTTGGCTTTGGG 641 ACGTGACAACTCAATCCAGAAGGATGGTGTGAACTCGGTTGGGTCCCGTGACTCGAGCTCCTACCAGTGGCTGGCCGCGG 721 ATTGGAAGCCAGCCTGCTGTCGCTCTGTGGGGGGGGACACGTCTTCCCACTGCTTAGAGCGAGAGCAGAGCAAACTGCGC 801 AGCAGGCACCTCCAGAAAGGTAATGGTGGCAGAACCCACAGTGGAGTCGACCTAGGCCTTTCTCCAGCAGTCCCAGTCGC 881 CATTGCTTTTTCAGCCATTCACAAGCATTCAAAACCAAACCAAACAGCAGTTCATATACCTGCCTGAGATAGGCTGGTCC 961 TCACCTCCAGAGCCAGCCAGCCCCGTCAGGGGCCAAACTTACTACCTTGACTTCATCTCTAGCTGCAGAAACACTAAGTC 1041 TCAAGGGCTTCAGCCCCATGCTGGTCCCTTGGTGTTCAGGGAGGGTCACTTGGACCGCTGTTCATCTGGCCGCCCTTGTT 1121 GAGTGTTCTTTGGAATTGTCGTTTTTTGAGCACAACTACAGCATTTTAGACTGCATGAAACCATGACTGACTGAGAGTCA 1201 CTCTCTGGGTAGATGATAGGCGCCTTTCTGGCCCCTTCCCTCACAGATTCTTTCCCCTCCCCTCCACCTGAAGAGAAGGC 1281 CTCCAAGTCCTTTTGGTGCCTTGTGAGGACTTTTAGAAGGGGCGTTCAGCTTTAAAAAGCCGGTCCTAATTACGGCCGGA 1361 CGCAGTAGCTTACGCCTGTTATCCCAGCACTTTGGGAGGTCGAGGTGGGCAGATCACCTGAGGTTAGGAGTTCAAGACCA 1441 GCCTGGCCAACATGGTGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAAATTAGGTGTAGTGGCAGGCACCTGTAATCCCAGC 1521 TACTCGGGAGGCTGAGGCAGGAGAATCGCTTGAACCTAGAAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCGGAGATTGTACCATGGCACT 1601 CCAGCCTGGACAACAAGAGCGAAATTCTGTCTAAAAAAACAAAAGTCCCAATTAAGAACCTCCGAACTCTGTTTTGAGGC 1681 AAAGGGGAGTAGTTCTTGGTAGGTGCAGGAATAGTAGTGTCATTTGGAATACTGGTCATCTTTCTGACATCACAGTAGAA 1761 ACCAAACCTTGGATTTAGATTCAAAAGGGGGGAAATGGGTCTTTTCATCAAGGCAACTCCCCTTCTCCAAGTCACTTACA 1841 TCATAGATAAATTTTAGCTTCCCAGTAACTGAGGGATTTGTTTCCTAACGCCATTGGAGGCCTTCATCCCTCTCTACGAT 1921 AAGGTTGCAGAAATGGGAAGAGCTACCCGTGGTTGCTTTTGATTACCCTTAGGAAGTGAGACAGTGTTTTTGAAAATATG 2001 TATTTCCCCCATTTCTCCCTCTCCTTCCCTGACACTTCTCTGGGCTGCACAGCAGAAACGTTGGTAAAAGGGCAGTTTGG 2081 TTTCAACACAGCAGACCTGATATGGGATCCCTTAGCCACTTTAGTCAAACAGCCCTGACAGAGTCTATAATTGAGTTCAG 2161 GCCCCCCACCTTGCCTAATAACTGCAAATCGCATGTTCAGCCAGCAGCCTCCTAAGCCCACCTTCCTCCCCCATTAGAGA 2241 ACACCCATCCTAGGTGCTCTCCAGGCTGTGTCATTGGCAGGGCTTCACATGCAGGAGGCCTCTCTCAGGTGAGTCCAGGT 2321 TAAACTGTTGAGTTGTGGCTTCAACAGATATGTATGGCATGCTGGGATGTGCCAGGTGCCTGCGTTGTGCCAGTTGCTGG 2401 AGAGGTAGTGTGAGCAGAGCAGCTGAAATCTTGCCATCAAGCAACCCTCATTCTCATGCCTGTAGGTTTCCATTGCTCTG 2481 TCCCAGGACACTTGCGTGCCAGAGACGCCACAACTTCATGTCCCTGTCTCTTGCAAGCTCCCCGTGCTGCCAGTACTTCA 2561 TGCCTTGGATGTGGTCCCACCAGCCCAGTGGCCGGGGTCAGCTTAGGCTCTGCTTCCCAGTGGACGGGTGTGCTAAGGGT 2641 TTATTTTATGTAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAAAAAACCCTGAGACCATGAGTGGGGCTGGCATCTTGCCAGCCTGGGC 2721 TTCAGGGATGTTTGGGGGGGGTGGTTAGAGGGTAGTTGTAGGGTACTTTGTCACCCCCCTCCCCCTGCCACCCTCCCTGG 2801 CACGTTTATTTCACAGCAGAGCCAAGTCTGTGGCAGGTTGACACAGACTGTGTTGCCAGAGCTGAAATAATTCCACTTCA 2881 TCCTATGAGCGTGTTGGGCTAGCTTGTTCTAATTTTGGCCACTTTGGCTGTTTTCTTCAGTTTTATGCATTCTCTCCTGC 2961 CCCAAAGTGCCAAGCCATTTGTGAAGGCTCTGCCAGACACCTCCAAGCTTGAGAGCTCAGCACCATGCACCAAGAGCAGG 3041 AGAAAAGACGTAAACCTACCCCAGCAACTGTGGCCTCTCGACAGCCCTGGCTAACTAACTTACATTTGTGGGGAAGCCAA 3121 CAGACACAGCAGGAGGAGAGGGAGGTGGCGCTGGTGGACCAAGGATCTGTGCTACCCGCTCCCCTCCTTGGAGGTGCAGT 3201 GATGATGGGAGTTATTTTTACCATCCGGGCGCTGATAGCTGCACTATTAATAAATTGCATGTGTTCCTTTTGAAGGTAGG 3281 GGATGGTTCTGGGTGAGAGGGGAGCAGGCTGAGCCGGCGGGGGATCTGCTGTCCTCCCTTTTGAGTCAGTTCTAATCCCA 3361 TGTGTGTCTGGGCCACCAGACCGAAATGGTTGCTGAGAAACTTGTCTGTTCATGTCCCAAGGCATAACTTCCCAACATTT 3441 AAGAAACCCCAATAGACACCTCTGCCCTGGCCACGTTCACAGATCCTTCTCTTGACCGGAAACCCTGGGACCCTAAGAAC 3521 CCCTGAAGCTTGGGGTGGGTGTGTGCTTCTGGGGTCTCTTTTGGGACCTCCTTTGTCAGTACCCCTTCTTTTTTCTAAGC 3601 AGCTAATAAGAGGTTGGGTGAAAGAGTGCATCTCCTCCCAGGATTCCACAACAAAATTCTTATCTTCCATGGATGCTTTA 3681 ATTGGAAGTGGGTTGCCGACCCCCTTGTGCCTAGAAAAGGCCTTCGCTTGGGTTTCCTTTGTATGCTTCAGCCTTCCTAG 3761 TTGGTTTTTCTAGGCCTGGTGTGAGAGGTAGGGAAGTCTGCACATAACTAATTCTTTTGCTTAAGGGCCTATGGCACAAG 3841 TGCACAAACTTCAATTCTTGATGTTCTAAGCTCTCTCCTCTAACAGAGGGAGTGCTGAAAGCTTTTGAGTCAAGACAATG 3921 GAGTGCTCTTCCTCCCTCACTCTGCCTTCCGAGCTTATGGTTCCTTTTCTCAGGAGAGGATTTTCAGGATTATTGGAGGA 4001 TTAGGTCATTGTCAGATGACTGGAAAACCTAAATAGGATCTCTCTCCAGCTCAAGGTTGTCCCAGTGAGGAAGACTTTAC 4081 CAACTTCTCACTCTACCCCACTACTCACATGAGTGTTAGCTCCACCTTGCAAAGGCTGAAGACCAGTTCTCCCCAGTGAA 4161 AGCTGCCTCATTCTTTTATGGAGTTCCCTGGAGTGGCAGAGCTATAAAGACGAGCATTGGGATTTGCAGTCTCCATGTAG 4241 CCTTTCGTGCTTGGCAACCCCTGTAGACTTTTTGTCCCAAGCAGATTGCGTGCGTGCGCCTGTGTGTGAGAATAAGTGCC 4321 TTACTTTGCTGTGTGGTTTTCAACTTGTACTCCGTGGCCAGCCCCCAGTTGCCAGGGCTCGACGGCAGCCAAGGACACCA 4401 TACCTCAGTATAGTTATATATAAAAGGGACACGGATTGTGACAGTTTCACCCCATTTGTTTCTAACCCCGCTGCCCAGGA 4481 TTAGGGTCTGTGGTGTGTTCTGTTTTGTTTTTGGTTTCTCCCTTGTGTCAGTTCTCTTCTGGCCCAGCTGGGTGGCTGTG 4561 GAAGTCTGTGAGGTGGCCCAACCACAAGCATACCTATTAAGAGAAGCCCAGAGCTTCCAGCCCCCACTTCGAAAACTCTC 4641 CTCTGGCCCCACATAGCAAACTCCTTCTCCGTTATTTTCCCCACCCCCAGATTTTTTTTAAAAGGCCCACTTGCCGTAAC 4721 CTCTTTTGGTCTATTTTGCTTCCCATTCAGCCCAAAGTTTATATGATAAAGGTGTTTACTTTTACTTCCCAGTCTCCAAG 4801 TGCTAACACATAAACACATACATGTCTGACTGTTGCAGAACTGTTCGAGCTCCTAATTCAGTGTTACCTTGTTTTAGTCG 4881 CAGCAACCCTCTCCCCTACCCCTTGCCCGCCCACGTTTTTCTCACTCTTCCGGGTTGTGCAATAACTCTCCCAGCCAGTG 4961 GTCCTTTCCACAGCCTTTCTGTCCCTTAAAACACCTGCAACTGGGGGAGAAATGGGACCCATGGGAGGGGGAGTCGTCAT 5041 CCCTTACACAAGAAATAGCCACTTTCCTTTTGTTGTCATTCTTGTGATCCTGGGTGGGTTTCTGTGGCACTCTTTTAGAA 5121 CATGTAGCATCATCTTAGAGGTCTATTTTTAAAAAATGTGTTGAAGAGGAAAAAACCATTCTCACGATGGGGCTTAAGTC 5201 ATTGTCCAGGAATAAGATTGGCGTGGTGCCCATGACATCACCGTCACTCTGCCTAAAAGCACTCTAGAGCTACTTGTTCA 5281 CGTGGAGAGGAAGGATATTTTGCGAAGCAACAGCCGCAGGTGGAGAGCCCTGTTCACCTGATAGGGTCTAGCTGTGACAG 5361 TAAATATAATACCGCTGTTTCCTTGGGTACAGATTTGAGTGTTCATGTGATGAGACTGTAAACCTCATTTTTCGGTTCCT 5441 CTGTTTAAAAAAACATCTGAAGGATGAACTAAGGCTGCTGGTGCCCTGAGCAACTGATAATGCAAATGTGGACAAAGTGT 5521 CTGTTTTCTACTCTAGCCTGTTCATATGGACCAAATTTCAACAAGGAACTCAAGGAAAATTTGTACCTGCCGTATTTATG 5601 CTTTCATGTAAAAAAGGGTTGGGGGGAGGGGTGTCTTTTTGCTTTTGGTGAACTTTTTTTCAAAATCATTTTTCCACTGT 5681 TTCTGTCTGGTTTTAAAACAAATTACAGTTTTGTATGGATTTTTTAAATGTACATTTTGGAACAAATGATCAAATATTTT 5761 CTGAAATAACAATAAAAGGCAGAAAATTATCAGAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
|
DRVs in gene 3'UTRs |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
SNPs in gene 3'UTRs |
|
Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
---|---|
miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
|
Article |
- Grimson A; Farh KK; Johnston WK; et al. - Molecular cell, 2007
Mammalian microRNAs (miRNAs) pair to 3'UTRs of mRNAs to direct their posttranscriptional repression. Important for target recognition are approximately 7 nt sites that match the seed region of the miRNA. However, these seed matches are not always sufficient for repression, indicating that other characteristics help specify targeting. By combining computational and experimental approaches, we uncovered five general features of site context that boost site efficacy: AU-rich nucleotide composition near the site, proximity to sites for coexpressed miRNAs (which leads to cooperative action), proximity to residues pairing to miRNA nucleotides 13-16, positioning within the 3'UTR at least 15 nt from the stop codon, and positioning away from the center of long UTRs. A model combining these context determinants quantitatively predicts site performance both for exogenously added miRNAs and for endogenous miRNA-message interactions. Because it predicts site efficacy without recourse to evolutionary conservation, the model also identifies effective nonconserved sites and siRNA off-targets.
LinkOut: [PMID: 17612493]
|
MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|
MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
|