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pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-122 |
Genomic Coordinates | chr18: 58451074 - 58451158 |
Synonyms | MIR122A, MIRN122, MIRN122A, hsa-mir-122, miRNA122, miRNA122A, MIR122 |
Description | Homo sapiens miR-122 stem-loop |
Comment | The mature sequence shown here represents the most commonly cloned form from large-scale cloning studies . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-122-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 15| UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG |36 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | |||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
Circulating MicroRNA Expression Profiling | Circulating MicroRNA Expression Profiling |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | TBL1XR1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | C21, DC42, IRA1, MRD41, TBLR1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | transducin beta like 1 X-linked receptor 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_024665 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on TBL1XR1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of TBL1XR1 (miRNA target sites are highlighted) |
>TBL1XR1|NM_024665|3'UTR 1 CGCTACTAGTTGGAAGCCATGGACCGACTATGAATGTGTACATAGCCAAAATGACTGTCCCTGACCCATGTACTGCTATA 81 GTCCCACTTGAACCATGGCCAGTCCACTACAGCCAAATCTAAAAGAAATATATACATACAGTGTATATAAACAAAATTGC 161 ACCCTGAAGATGACAGAGTTTTGTCACAGCTTGTGAATTCTGTTCACCAAGTGCTGGAATCTAATCTGCTGTGCCCCTAA 241 AATAGCATTTAGAAGTTTTGGATATGAAAAACAGAAGAGAGAAAAATATACATTATAAAAGCAGAACATACATGTACCAG 321 TTTTTGGATACTAAATGACAGCCTTGTTTCTCCCCTTTGAATCAGCAGACACCATGGATTATATTCTTTTTTTCCCTTCA 401 GTAGTGAGCAGTTTGTATGTACAGAGAAAATGGACTTACAAAAACTTGCAGCAGTAGTTTGTTCTTGCTTTAAAATTTCG 481 TTTTTGGTTTAGATTATGGATGCATGAAGTAAGGGAGTGAATCAGTTTCTTGTTTATATTTTTTTCACCTTTTAAACAAA 561 AAATTCTTTAAAATATTTTAATGCATTCTTTTGAAGAGGTAGATGTTTGGTACATTTTATGGCTCCCAGAGCATATATTC 641 AGTTGGTGCATGTTGTGGAAGGGGGAATTGGAAATTAAATGAAAACCTATGACTTTGGTCATGTCAATCTGTAAGACACA 721 TCAGTAAAAGGGTATTATGCTCTGTTGGTTTTGTTTTTTTGTTTTGCTTTTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTGTTTTTTGG 801 TGATGTGGCTTAAATGCAATAGTTTCTTTTTTGGGACATATTTCTGCCAATTAAAGACTAGAAGGGCACAACTTTTTTTT 881 TAATTACCATAGAGAAGATACATTAAAAAAAATCTTCTGATGTTTTGTAGCCATAACTAAATTATGGTAAAAATGTGCAC 961 TATTGTGAAAAGGAGCAACGTAGTTTTGGGTTTTTTGTTGTTTGTTTGTTTTGCTTTGTTTTTTAAGAGATTAAAATGTT 1041 TCTGGATAAGGATTAGCTTCTCGAAGTGTCCATCATTCTGTGTAGAAGCTTAAATATGTAATGTAACCAAACTCCAGTAT 1121 TAAAAATCTCTCATGTTGTTTTCTTTATACAAAGCAAGATAACGGCATATAACACTGCCATTACATGGCAAAATGTTTGC 1201 TACCTTAGTTTAAAAAACAATCTCAAACAAAAGACTTGCTTCAAGGTGTTTTTAAATAGCAGTGATTCAGAATTTTTTTT 1281 AATGAAAGTATAATTGCACTAACCTTCTTCCTGCTGCTCTGATTCTGCATTTGTGGTACTTGTGACTACGTTTTTTCAAA 1361 TATAGATAGATTTAAGCTGCTAATTTTTTTTTTTTTAGTAATCACTACTATATCATGTCTTTTACTCTGTTTATAATATC 1441 AAGTATTTTCTTAAAGATATAGATATTAAACCTTGTGCTCATGCAACTTAGAGTAACATATACAGACAAATGATTGCATG 1521 AGGCCATGTTTATATGTGTGACTAATAAGGCTTGTCATGATTAACATAATCCAGGTATGTCATTTCTGAAGAGAATAGTC 1601 ATCAAATTTATATCTCGAAGATTTTAATTAAGGAATTGCTTATTGTTGAGCTTAGCAAATTAATAACACTATTTCTGTCA 1681 CTAATTATTTTGAGGCCTTTTAGTACTAAAATTTTAACCTGTGTTCTAAGTAGAAACTGATTTAACCCAAGTAATGCAGC 1761 TTTGATTGATTTCAGCATTCGTTGCTTTGCTATTTTTACAAAACAGCATTGATTGAAGCAAGTCTTGGTTTTACTAAGGT 1841 AGGGTAGCATTTGCTATTGGTAAAGAGAATAAATACACTTAATTTCACAATACATTGTTATATGTACCCCAGTTGTTGTT 1921 AGTGGGGACTATGATACTGTAATAATATTTTTAAAAATTTACATCAAGAGAGGCAGTCATTCACGATGGTTTTGTGCCAG 2001 CTCTTTTTAGGGTTTTGGATCACATTAGAGATATTTAGAACATATTACCCTGTGACTTACGTAGGAAACCTAATATGCTG 2081 AGTATCTGGCACTTGAATTCCTGCTTTTATTGCTGGAGGTCCACATCTGTGGTTGACCTCTGTTATTGTTTAAAAAAAAT 2161 AAATAAAAATTAAAAAAATCTGTGCAATAATTTTAAAATGTGCTCCCAGGAATAGACACAAATGTTTTGAGTATCTTTTA 2241 AGCTGCATTTTCCTTTAGTGATGCATTTGTCAATTGCACTGAATTTAAATCTGAAAGTCAGAGGTGATTATTGATAGTAC 2321 TTTTGTATTTTGATATGGACAGTTTATTCATTTGCATACAGTTATTGACTTTTTCCCAGCTGATTAAAAGATAGTCAAGA 2401 AATTCTGCAATATAGCTGCCAAAATAGACAGCTACATTTTTATGATATTGTCATCTTTTCTGTTTTTTTTTTCTTTTTTT 2481 TCTTTAGCTATTTTACTTAAGCATAATAGCCACAATAGGACATATAAAAGATTATAAATACAGAGCTTTATTATCCTGAC 2561 GTCTTGGGTCTTTTAAGTATATACTTTTCTGAAAGGTATCCATTTTGTAGGCTTGGGTTCTTCATGAGCATACGATTGTT 2641 TATTTTTGCTGCTGTTCTCAACATCATCATTGCCTGCTGATGTGCCACGATGCTGCTCCAATAGACAGCAATAAGATTGT 2721 CTCTAATTTGAGCAGTAACATGATTGCAAGAGACCAAGTTTCACAGCTTGTAAAGTTCTGTATTTGGGATTCTTGCTTAT 2801 TTTTCCGCCTGTGTTTTTCTGAGAACTTATTCCTGATGATCAATTGAATCCAGTAGTTTTTCTATGCTATTTGTTGTTGT 2881 ATAAGCTACTGTAAGAAACTTATCATAAGGAAAAATAGAAAGGAAAACTTGAATCAATACTCATTGATTAAAATGGAATA 2961 AAGAAAGAGCAGCTGCCACTTTTAAACAACATAAAGGAATATCTTTTTTTGTCTCCGTGTAGGAAATCCCATAAGTTCTT 3041 ATATTTGTTCCAGTTCCCATTTCCTGCCATTGACCAGATAACATCATTGACTTTCAAATGACTTTTAGAAGTGATAACTC 3121 TTAATTTCCTAATAGATACTAGATTGTATTGAATTCTGTTTTAATTATTCTCTAGGTAAGTATGTTTTAGGATTAAATAC 3201 CTTTTACAGATACTGAAAGTGCCTCCTTTTGTGGTGTAAAAAACAAATTATGGTGCAAAAAGTAATCACTAGATTGAAAT 3281 ACATGAAGGTTTTTTGCTTTTTGACATACGAAAATGTCAAGAGAAAGGCCAAAGATTTGTACTTTTTCACTTACAAAGCA 3361 CTCCTTTTTCCCTTAAACTTCTTTCTGTCAAATTAGATTTAATGAGAGAGTACTATTTTTAAGGAGCTATCTGTTTATGT 3441 AGAATGATTTTGTTAAGAGTAATGTAAACTATTATTGAGTAGAGGCCTAAAGAGGACTGTGCATTTTTGCTATTTAAAGG 3521 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ATTTCTTTAGTTATCCAGTTAACTTTAAAACTGTTGTAAAAGTGTAAACCAGCCCATGACAGGTTTTTGTACATGTTAAA 4481 GAACTTCATTGTTCAGTTTTCATGATTATTGTGTAAGGAAGACTGATGTAGATGTTCTGTGCTGTCCTGGACCATGTTAA 4561 TTACACTTACGACGTATTTTAGTTCCACATCACAATGATTTGTCCCCAGTGACCCTTTTATCCTTTCTAGGCACATTTCT 4641 TGTTGTTGTTGTTGTTGCAGTTCCCCTTTGCATTGTATTGCTTTGACAACTGTAATTTGAATCAGATCTGAAAGAGGTCC 4721 AGAATAAAATATATTTTGATATTATGTTGGCTGTGTACATATATAAAACCTTTGATGTCTATGTAGTTTATATAGACTAT 4801 TTACTAGTCAGGTAAAGAGAGAGGGATGGTATTTCTTGTTTACAGTTTGTTTACATTTTAATTGCTTTTACTTCTCCAGT 4881 GTTCTATTGTAGAATAAACCTTTTTTTCCAAGTTAGCCTTCATAACCTATAACACATTCATTCTCTCCCATACTGGTGTT 4961 ACTGATTAATAACTGCCATCAGAACCCAAACCACTGTTTTTCATAAACGTATTGTTTCCCAAGATATATACTTTAAGCCC 5041 ATAATAAAATTACAAATTTTACTATTTTTATTACTTCTTGCAGGAGATAAGATTTTTTTAAATGAAGGGGTTATTTACTA 5121 TTTTTATTAAAGTATAATAGAGCATCTAATCAGCTAAGGGATTGTAATTTTTAATTCTTTTGAAAAATAAATATTGTATT 5201 TAAAAGACGTTATTTCACAGAAGCTGAAAAAGAGACCTTAGATAACATTTGTTTGGTTAGCCACACGGTTGAGCACAAAA 5281 CAATGTGTAGATGTGTTGAAGATTAGGGCAGGAGGCTCAACTTCTCGGTGACCTTTTTTTGCTTCACAACAAGCCAATTA 5361 TAGTTGAATCATTTTCTCTCTTAGCTAGTTGTTACTACAAACTTTATAAGAAAAACAACTAGACACCTTCTAGTTTTAAT 5441 TAATACCAACTCCTTTAGAGTTAGAGACTTTTTAAAAAGAATCATTGAGCATATTTTCTTTTTTTTTTTTTTAAGAATTT 5521 ACACTCTCTAGGTCTTCTATTTTTCCTGTTTATTTCCTTAAACAGAAATAAATTCAAGCATAGTTTTATGTTTTATTAGA 5601 AATAAGCCACTGCAGTTGCTAGAACTGACATGCTTTCATTTTCAAGGGGTTAACTTTTATTGCATGGCATAGATTATTAG 5681 TAATATCCTGCATTGTATACTTTTCCAAAAAGGGTTGGACTCCTAAGGATTAGAATCCTTATAAGCTTGAGGGAAAGCTG 5761 AAACTAATTTGAACAGTAATAGAAGGGATTATTTTTAATTTCATAGTTAACACTTTACAATGGATTAGATTTATTACCTA 5841 GTATAATCCGTAGCAGATCAGATCAAAGTTTACTGTTTTACCAATATATTCATTTGAAAAAATACAGTGGAGGAAAAGAC 5921 ACTTTAGATGGTAGTTTTATGGTGCTTTTCTCTGCTGTACCAAAGTGCTTTGTCATCAATGAAATGTTAACCCTATGCTA 6001 CTTTTTCTGCATGCTTCTTAAATGTCATCTTAATGCTTAATTGTCCTAACTTGTAATATTTTTGTATTAAATTTTTTTAG 6081 GAGTTCCTTGTAATTTCTTTACAATTTAAAATATATTAAACACAAAGTGTTTAGTAAAGTACAAAAAAAAAAAAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Article |
- Grimson A; Farh KK; Johnston WK; et al. - Molecular cell, 2007
Mammalian microRNAs (miRNAs) pair to 3'UTRs of mRNAs to direct their posttranscriptional repression. Important for target recognition are approximately 7 nt sites that match the seed region of the miRNA. However, these seed matches are not always sufficient for repression, indicating that other characteristics help specify targeting. By combining computational and experimental approaches, we uncovered five general features of site context that boost site efficacy: AU-rich nucleotide composition near the site, proximity to sites for coexpressed miRNAs (which leads to cooperative action), proximity to residues pairing to miRNA nucleotides 13-16, positioning within the 3'UTR at least 15 nt from the stop codon, and positioning away from the center of long UTRs. A model combining these context determinants quantitatively predicts site performance both for exogenously added miRNAs and for endogenous miRNA-message interactions. Because it predicts site efficacy without recourse to evolutionary conservation, the model also identifies effective nonconserved sites and siRNA off-targets.
LinkOut: [PMID: 17612493]
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MiRNA-Target Expression Profile | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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