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pre-miRNA Information | |
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pre-miRNA | hsa-mir-122 |
Genomic Coordinates | chr18: 58451074 - 58451158 |
Synonyms | MIR122A, MIRN122, MIRN122A, hsa-mir-122, miRNA122, miRNA122A, MIR122 |
Description | Homo sapiens miR-122 stem-loop |
Comment | The mature sequence shown here represents the most commonly cloned form from large-scale cloning studies . |
RNA Secondary Structure | ![]() |
Associated Diseases | ![]() |
Mature miRNA Information | ||||||||||||||||||||||
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Mature miRNA | hsa-miR-122-5p | |||||||||||||||||||||
Sequence | 15| UGGAGUGUGACAAUGGUGUUUG |36 | |||||||||||||||||||||
Evidence | Experimental | |||||||||||||||||||||
Experiments | Cloned | |||||||||||||||||||||
Editing Events in miRNAs |
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SNPs in miRNA |
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Putative Targets |
miRNA Expression profile | |
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Human miRNA Tissue Atlas | |
miRNAs in Extracellular Vesicles |
Circulating MicroRNA Expression Profiling | Circulating MicroRNA Expression Profiling |
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Gene Information | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Gene Symbol | PYGO1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Synonyms | - | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | pygopus family PHD finger 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Transcript | NM_015617 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Expression | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Putative miRNA Targets on PYGO1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3'UTR of PYGO1 (miRNA target sites are highlighted) |
>PYGO1|NM_015617|3'UTR 1 TCAAAGGCATTAACTAAAGTGGGTTTATTTTCCTGTGCATTGCAGAAGTTCATTGACACAGGATTTTAATGTTTTACATT 81 ATTTTTTTAAATGCATACACAAAAACATTATTTACTTAGTTTTTATTAATCACTTCATCACTAGAGCAAATTTTTTATTG 161 TCTTTGCTTGCTGTCTTAAATGAGAATAATGTATATGGGGGTGCTTTAGAAACATAAATAAATGTTAGTTGTTGTTATTT 241 ATCACAAACATAAAAGCCTCTTGAAACTTCAAAATAATATATAACAAATGTAGGCAAGTTTTAACTTTTAAAAGTTAGAA 321 TCATTGAAAAACGTGTATTTCAGTGCTGAACTTTGGTTGTACCATATTAAAGATTTAGTTCAAAAAGTTTATCAAGGATC 401 CACTTAACACGTCTTCACAACATAATATATGTAACTGTAACATGGGGGAAAGCATACATTTTTATGGATTAAAAAAATAA 481 TAGTATGACACCAGATTCCTCCTCCACTAGGGTCTTTGGAATCAATGAATTTCATATTTCAAGTGAGTTTTCAGGATATC 561 TGTTTGTACAGATACGAGACAGATCTTAGCATATAGTAAATTCTCAGTAAGTATTGTTGATTAACTTGTGGATGGTACCA 641 CATGAAATTGCTAATATTAGATCAGTTGAAAATTGACTGCAATTAGTAAAGTTGGTATAACGTACGTTCCCAGTTGTGCT 721 ATTTAGAATTATGATAGTATTATGCTCCTACTTTTCTTTGATATTGAGTTGTCTTGTTATTGTTTATTGTTTTCCAGAGA 801 AATACTATAGTATCCACAGAAGAATTGTGAATACTTTTTTATAATTTTGAACTGGGACATATTGCAGATGAGGAAGGTAG 881 AAACATCCATTTGGCCTTAGAGGGCTCTGCTAGTAAAAGAACTACTCAGTGGTGGTTTGAAAAATCTTGTTCTGGGGATC 961 TGAATTTCAAAAATGAACCCTAGGGGAGATCAAAATCCATTTTAAACAAAGATCAATTAAGAGCCAAAGTGAAATCTAAC 1041 TTGCAAACAACAATTTGAAGCCTTGCAGCAGACTTAAGGAATTCCCGCTCTGACTGGGGAAAAGTATAAAAATGGACCTG 1121 AGAGTACCCTCTTGAGGGATGATCAAGAATGGAGACAGTTGGAGTTGTGCTCATTAAGATTCAAAACAGCAGAAATCCAT 1201 TTTTGGAGCAGATTATAACCTGTGGCCAAAAAAAAAAAATGTGTGCTGTTTGACAGCTAATGGCAATTTATACAATCATT 1281 GGAGGCTGGTAAAGCTCCCTAATATGTTGCCACCATTATCATTGCAACCAAAAAAATTCTGAAGATTGTGTGGTGATCTA 1361 CGAAAGAGATAAATAATTACTGTTATTTAAACCCAAGTGAAACAATGACGGCAGCAGCATATTATCAAGAAATTTAAATT 1441 ATGCATGAAAATGTGATTTAAAAACAATGTCCTTTGGGTAACACACAAGAACCTACACTTTCACAGACAAGGACTCGACC 1521 TCACATGTCACAAGCTACTAAAGCAAAGTTAAGTGACTTGGGCTATGAAATTTTGTCATGTCCATTTTAGTCACTGGACC 1601 TTTATTCCATGGACTACTGTCTATCATTTGGAGCTTTTTCTAAGAAACAATGCATTCCCCAATCGAGATGAAGTAACTGG 1681 AAGATGTTAACAATTTATACAGCCTAACAAATGATGAATTTTATAAAAGTTAGACCTTTAATATTCTGTTGGAAGAAAAC 1761 TATTCATGCTCCTGATGCATATTTTGATTGAATAAAACTTATTTTTTTAAATACATTGTTTTAATTTTGACCTACAAAAA 1841 CAGCAATTTCATATGGTACAAGGTAATACAAGGTTTTCTCCATTTACCCTTGACTAGTTAGAGGTGAGTACAAAATATTT 1921 TCAGTAGTTGTAAAATATTTATCTTTACAATTTTAGGAAACAAAATGATATAAACTATACTTCTAGGTACTCCTTTGTGT 2001 GAAAACTTTACCAGTTGAAGCAGGTTAAAATGCAGTATTTTGGGCTGACAGGCATTTGATGGTGTTCAGTAGTGTACTTG 2081 AAGATCTCATTTTACTTGGATTTTTTATTATACATATTTCTCTAAATGTTTAAGGACCTAGTTATGTTGCTCCTGAAAGT 2161 TTAATGAGTGCTGATTTTTAATAAATGATGCACTGTATGCTGTATGCCTAGTTGTAGCATCAGATCATGATTTATTATTA 2241 CCCTGAATAGAGCTAGATGATAGATATTTTGAGTAGAACTTTCCAGTGTTCTCAGGAGTTAACACTTTACATGGTAGTAC 2321 TTGAGTTGTGATCATTACTAAAATCAATTATGCAGTTTCTTAAACCCTTTATCTCTTTAAGTTTCAGTAGTTAGCTGTTT 2401 TTGTGAAAATGAAATAACTTCTCCCAAGCTAGTCTAAAGGTATGTGTTATGCAATATAATTCATTTTCTATTTCCACATA 2481 GTTGTTTTTAAAAACCTACAAACAGGTGAATTTTTATTCAGGTGTTTAGGTCTTCAAAGCACCTTACTTAAATAAGAATC 2561 TGTAAATATTCAAAAGAAAAACTCACGGTTCATTCTGATAGTGAATCATAGCCAAACTGTAATCATAGCTGATGAATAGC 2641 GTTCATGTGTTTGAATTAATTTTCCTGCTAGTTCTACATTTGTCTCTACATAATGCTAAGTCAAAAGTTATATAGATGCT 2721 TTTGGATGGAATAAGTGATGAACTGTAAGAATAGCCAGATGATAATTTGTCTGAAGAAGGCTATTATACAAACTGAAATG 2801 GCTTCTTAGGATAAATGATAAGCTGCCTTCAACTTTAAAAATATGCAGTGATGGAAAAAAACACAGGTGGAATTGTACCT 2881 TTTTTGGTATAATCCCTTTCCTTCACTGAAAGTCCTCATCTTACACACACACACACACACACACACCCCCCACAGTTTCT 2961 CCAACATCCTTGAGTTTTGCTTAAATTCAACCTGGCTAACTATGAGCATCTAGGTTTACTCACCAAAGCTAGGTTATTGA 3041 CAGAAAGGTGGGTTTTTTTTTGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTGTTTTTTGCCAGTCTTGCTCTGTTGCCCA 3121 GGCTGGAGTGCAGTGATGAGATCTCGGCTCACTGCAACGTCTGCCTTCCTGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCC 3201 TGAGTAGCTGGGATTACAGTCGCCCACCATCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGTTCACCATGTTG 3281 GCCAGGCTGGTGTCAAACTCCTGACCTCAAGTGATCTGCCCGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTAAGC 3361 CACCACGCCTGGCCAGACAGAAAATTTTAAAAAGCATCAGTTCCTTTCTCAGAACTTGACTTGCTCATGCACTAGAGAAT 3441 TTGTGGTCCACATGCTTCTAGGTGTTACTCGATTCACTAATACTGAAACAGCTCAGCTTGTGAAAGATAAATTGTTCTTC 3521 AGACAGAGTGCTTAGAATTAGATTTGTGATCAGTGTTTTCCTTTTGTGTGAAATACTTTAGAGTACTGCTATAATTGTTA 3601 TTCAAATTAGAAGGTTATATACATAAAACTAAAGATTTTCTTGTACTAGTGCTTATTCTTCATAAACACAGTGTAAAGAA 3681 ATCTACTTTTTTGGTGGTTTGTTTTAGACTCCCAACTCTGCCTAGTGGCAGAAAAACCTCTTAATAGTGTGGGTCATCAT 3761 AAAATCTGCCAACTTTAATCCAAATAAGTATCAAGAGTCTTCATTCAATATTCTTTCAAACTTGTTTGTCTCGAACAAAT 3841 TAGAGTTTTAGCACTTATTGTTCAATGTACTATAGTAATTGTATTTAATAGTAAGAAAATATATAAGCAATGATTTTTTA 3921 AAAGGGAGTTCTCAAGAGTTTTGGATTTCTTTCTGCCGTGTATAGAGGTTTCTTATGCATGGACATTTGTGCTGTTTTAT 4001 ATCTTTTTCAATTAAAAAAAAATTTAAAGGCATCAGGCTCCCTAAGTTCATTTGTAAATAGTGGCTTGGAACTCTACACA 4081 ATAGGGAAGCTCCTAAAGGCTCATTTAGACCATAATCTAGTTAATAGTATCATGCTGAACTCTCAGTTTTCTTTAGGAAA 4161 CCAATCAATCAGTGTAGGAGGGAGAAAGAAGCAGAGGTCTTGTCTTTTTCCTGATGTGATTAGGAGGTTAAGTTCTTTGG 4241 TGTGGGTTTCTTTGCATTTGCCCCCTTACCATGCTAAACTCTGGTGAAATGTATAAGCAGCCTTGGCTTTTCCTCTCCTG 4321 GGTGCTCTGTGCTTCAACATTTTATATCTTTCCTCCCATCAGAAATCCTGTGTCTTTGTGTGGCAGTAGTAGTTGGCTAG 4401 ACTTTAAGAGAAAAGCATTTTCTACTAAGGTATGAATGAAGATAGTGGGAAAAGTGTCATTAAATTTCTTTTTTAAAAAA 4481 GTATGTTTATTAAGAATGAATCTTTAATATCTAACATTTCAGACAATATGACCGCATTTCAGATACCATGGGAAGCAGTA 4561 CATTTAGTGAATTAGCTGGTACTGTCTGAGGGTACTTCCAGTTTCCTTTAGGCTGTTGTGACTTTTCACAGCTTCCTCTC 4641 CTCTAATTCTGAACTTAGAGATTTTCTTCTCATTTCTAATTTTTAGTAGCTTATTGTTCCATCCAGTAGAGCATTATAAA 4721 AGTCACATCTGCATCTTCCAACTTATGGTACAGTGATGGGAATTTGGAAGCACCCCTGGAGCAAAGAGGCTAGGGATAGC 4801 ATTAACATCTCCCAAGACAAGTGGTATAGGGGAAATGAAGGAAAGACTGTGGCCATGTATATGCCAGGCGTTAATACATC 4881 AGAGCTGCCTGTATTTAATTTAAAACTTTTGATGAAACTCAGTGGATAAGCATCTTTGTCATATTTTGTCAATAATACAT 4961 TACTTGCAATTATATTAAAACTTATTCTAAATACCTGTACCTTTCTTGTTCTGTAGATGTGTAGATGATGTTGCTTGTTT 5041 GTCAAAATATTATCTTTTATAAAAGAAAGTCCTGCTTCTTATCATGATGTATGTGACTTAAATGATTGTTTCATATTAAA 5121 ACTATTTCTTCCTTATGTACTGTTTACATATACCTCTTTTTGGGATATTAGTTCAGTACTTTTATACAAATCTGAGTGTG 5201 TTCCACATTGGTGACATGTATTTTTGCAGTAACTTTTTGTTTTGTTCTTAGAACATGTCTAAAGTAACACATGCACTAGT 5281 GCTGTGGTCTGTGGCAAAATTACTGTAATTCAAATTGGAAAAAAAAATGTTTCCAGACTTTGTCCAACATTTATTCCTAT 5361 GGCAAAGGAAATTACTATGTAATACTAATTATTTCTTATGCTGGTATGTTTTAAGCTACTCTATGAAGTATGTGAAACAT 5441 CAATATTTATGGATTAATAGATGGCCTGATGTCTTTCAAATGGGAGAGGAGTAAATTTTAGTGTTACCAACTCATGACAC 5521 TTGTAATACAATAAATCTTAAAATTTTTATTTTCCACTTACAGGTATACTTTACTAAATAATTACCTTAAATGGCAGTGC 5601 ATATTAGGATTTTTTAGCACATACTACTAAAATTATATAGTAACTTTTAACTTGTGCTGATATTTCCCAACCAAAAAAGA 5681 CATCATTCACTTCATCATAACCAAAATAAGTAGTACTGTAATATTTATCTTCATTTATTTAGACATGATTAAGATACCGT 5761 AAGACTCCTCTAATTTACCTGGAATTTTTAGCCATTGATTCAAGGACTTGAATGCTGTTTACTTGGTACTACCTAATGAA 5841 AGGATTTGGTAATAAAGGTTATAATCACGATTTTAAAGAAAAATGTTTCATCTTGAAGGCAAATTTTTAAGCTTTTTATT 5921 TAGAGGTGTTTACTTAAGAATAGTAATTTAAAAGCATTCTTATTTTGTCATTAAGACAAGTACCCAAAAGAATTGTAATA 6001 AGTAATACTTGGCCAATGCAAATTTGTACATTTGAAATCATACACTTGAAAGAAAAAAATGAAGGCTTGTGAGTGCTTAA 6081 ACTGCATATCTTTTTAAAAATTCAAATTTTAGACATATCAGTTTAAATTATCCTTAATAAGGTTTTACTATGTCAGTGAT 6161 GTATATTACAAAATGTCTACCTATGTTATGTTAATGATATCTCTATACTGCATCATATTCGGCATGGTTATGGTATATTT 6241 TGTACTTTTGATTGTGGACTATTGATAGGATTGATATAGCAATAAATCTGATTCAGACTTAATATTTTTTAAAACGCTAG 6321 ATACCATACTGTATCATAATCCTATTATATTTGACTTGAATGCCCAAAATTTTCATAGTTCTATATTTTATGTTAAAAAT 6401 TTAGTATTACATGTTAGGGATTTATTTTTGTCTGCTATTTTCACATACATTCTTTTAGAACTGAGTCTGTTTCTATTTAG 6481 ATCATAGACGTCTAAAGAAGTATTATTAATTCATGAACTGCTTTGTGGAAAAATTTAAATAAAGTATGAAATGACTAGAT 6561 TACCCCAAATTGTTTATTTTTTTTTTTGGTTAATGACCAGGTTACAATTCTCAGACAAATGAAATTGGCTTGATAACTGA 6641 TTGAATATAGTAGATAATGGAAAGTTTGACTCTTTAAGGGCTTCCAAGTGTTAAATACATTCTCAATTCTGAATTACTTC 6721 ATAGTAACTACTTAAATAATGGTAAGCCAATTCTCCTTTTTCTTTTTGAGATATTTAACACAATTTGCGTCTTCTGATCC 6801 CATTCCCTTCTTCCCCAAAAACCATGCTAGAATTTAAAATTGGAAGAGTTTAATTTGTCATCTACATTTTAGTTTTTTTA 6881 TTCTATAGATAAGTAAGAAGACAAGTAGACGTTCTGCTGTCAAGACAGTCCATGTTATTGTTGGCCATTCTTTTCAGGGA 6961 TAATGCTTAATGTTATTTGTGCGTTGTATAAGGAATGTTGTTTATCAGTATATAGACCTACCATTAGTAGAAATGATGTA 7041 TGGCAGGCTTTCTTGAATAATATGTATTGTAAGTTTGTTTCCTATAGTGTTATTATGGTTCAGATTCTTTTAAATAAAGC 7121 TAGTTTTTAAAGAGAAAAA Target sites
Provided by authors
Predicted by miRanda
DRVs
SNPs
DRVs & SNPs
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miRNA-target interactions (Predicted by miRanda) |
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DRVs in gene 3'UTRs |
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SNPs in gene 3'UTRs |
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Experimental Support 1 for Functional miRNA-Target Interaction | |
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miRNA:Target | ---- |
Validation Method |
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Article |
- Grimson A; Farh KK; Johnston WK; et al. - Molecular cell, 2007
Mammalian microRNAs (miRNAs) pair to 3'UTRs of mRNAs to direct their posttranscriptional repression. Important for target recognition are approximately 7 nt sites that match the seed region of the miRNA. However, these seed matches are not always sufficient for repression, indicating that other characteristics help specify targeting. By combining computational and experimental approaches, we uncovered five general features of site context that boost site efficacy: AU-rich nucleotide composition near the site, proximity to sites for coexpressed miRNAs (which leads to cooperative action), proximity to residues pairing to miRNA nucleotides 13-16, positioning within the 3'UTR at least 15 nt from the stop codon, and positioning away from the center of long UTRs. A model combining these context determinants quantitatively predicts site performance both for exogenously added miRNAs and for endogenous miRNA-message interactions. Because it predicts site efficacy without recourse to evolutionary conservation, the model also identifies effective nonconserved sites and siRNA off-targets.
LinkOut: [PMID: 17612493]
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MiRNA-Target Expression Profile | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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MiRNA-Target Expression Profile (TCGA) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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